Mientras tanto el Congreso había concedido al ejecutivo las Facultades Extraordinarias y se inició un régimen de brutal represión. Arroyo extralimitó su poder interfiriendo hasta en la administración de justicia, donde cesó y removió a los Jueces, a su antojo. Al mismo tiempo fortalecía a la policía llamada Cuerpo de Carabineros desde su creación en 1.938, tornándolo en el brazo ejecutor de sus abusos. Controló la Circulación de publicaciones, menudearon los confinaos y encarcelamientos y bastaba ser politice opositor para merecer las más injustas y dolorosas persecuciones, llegando al extremo de hacer de la tortura en las cárceles el medio usual para arrancar confesiones políticas.
En lo positivo, su gobierno arregló la Deuda Pública, construyó el carretero a Loja, adquirió los edificios de Ministerio de Tesoro, el Museo Nacional, la Academia de Quito, inauguró el Servicio radiotelefónico Internacional, creó el Colegio Montúfar de Quito y la U de Loja, fundó el Instituto Cultural Ecuatoriano después transformado en Casa de la Cultura.
En lo Internacional eran innegables sus simpatías hacia el Fascismo y el Nazismo que aumentaban a medida que dichas fuerzas iban ganando terreno en Europa, pero al ingresar los Estados Unidos en la Guerra, sorpresivamente, el 12 de Diciembre de 1.941, ocupó el territorio ecuatoriano en dos puntos: Las Islas Galápagos y la Puntilla de Santa Elena.
Arroyo tuvo que conceder la autorización recién el 24 de Enero siguiente, el país se vio envuelto en el conflicto y declaró la Guerra a los países del Eje Berlín-Roma-Tokio, bien es verdad que de muy mala gana, sumándonos así al llamado Sistema de Defensa Interamericano.
Entonces comenzó una amarga represión contra los ciudadanos de esas naciones. En Cuenca se abrió un campo de concentración con malla de alambre de púas y todo lo demás y se condujo a su interior a numerosos alemanes e italianos con sus mujeres e hijos, casi todos ecuatorianos de nacimiento, dándose el triste espectáculo de que los Cónsules norteamericanos se convirtieran en verdugos de todo ecuatoriano que les pareciera sospechoso. En 1.943 los prisioneros de Cuenca fueron deportados al Estado de Arizona donde también los tuvieron en campos de concentración pero mejor tratados que entre nosotros y después de la Guerra regresaron a pleitar para que les devolvieran sus bienes confiscados por el Gobierno. Se creó la lista Negra para los ecuatorianos socios, empleados, amigos o parientes de ciudadanos o de empresas alemanas e italianas, quienes no podían disponer libremente de sus bienes - heredados en muchos casos- tampoco podían contratar ni viajar por el territorio Nacional y hasta tenían que presentarse esporádicamente en los consulados norteamericanos a responder largos y vejatorios cuestionarios, verdaderos interrogatorios en el sentido estricto de la palabra.
La Lista Negra se prestó a numerosos atracos y abusos. Ciertas empresas mixtas formadas por norteamericanos y nacionales, especialmente el grupo económico Norton-Yoder que manejaba la Cervecería y la Cemento de Guayaquil, se apropiaron de bienes y fábricas de alemanes e italianos como la Universal, la Roma y muchas más que seria largo enumerar. El manejo de los bienes congelados enriqueció a muchos avívatos, Alfonso Tous Enireb por ejemplo, un señor Kitile, etc. De ello no se puede acusar únicamente a Arroyo del Río. Era la época, se ha dicho en su descargo, pero él permitió todo y en lugar de ayudar a sus compatriotas como hicieron otros presidentes latinoamericanos, se volvió impávido.
En Noviembre de 1.942 viajó un mes por los Estados Unidos y otras cinco naciones en triunfal recorrido que sirvió para alimentar su natural egolatría. En Washington fue recibido por el Presidente Franklyn Delano Roosevelt, que le agradeció personalmente la contribución ecuatoriana a la Guerra, pues en lugar de subir los precios de nuestras materias primas se mantuvieron congelados por muchos años. Seis Universidades norteamericanas le declararon Doctor Honorís Causa en 1.943 para coronar tan espectacular visita y hasta apareció el folleto "Apóstol del Panamericanismo" reseñando los agasajos.
Su posición personal se iba desgastando en el país a causa de su política de mano dura y trato despótico y cesarista que le aislaba de las clases populares. Las cárceles estaban llenas de opositores, muchos vivían en confinios en las más apartadas regiones y otros sufrían escondidos, pues no existían garantías.
Francisco Arízaga Luque formó Acción Democrática Ecuatoriana ADE. Agrupación cívica y política destinada a lavar las afrentas del país. El partido Liberal o gobernista lanzaba la candidatura presidencial del Dr. Miguel Ángel Albornoz Tabares y resurgió el populismo a través del carismático Dr. José Maria Velasco Ibarra. Arroyo solemnemente declaró que no deseaba eternizarse en el Poder "Ni un día más ni un día menos" del señalado en la Constitución de la República.
Y así hubiera sucedido de no haber sido porque el 28 de Mayo de 1.944 se produjo una gran revolución en Guayaquil. Arroyo renunció al día siguiente y buscó asilo en la legación de Colombia, odiado por las grandes mayorías. Primero se refugió en Bogotá, adquirió una villa en el barrio residencial de Chapineros y tuvo que trabajar de abogado. La Asamblea Nacional Constituyente creó el Supremo Tribunal de Honor Nacional que pidió sanciones y el 12 de Diciembre la Asamblea resolvió "Condenar ante la Historia el régimen de Arroyo del Río como atentatorio contra los más elevados intereses de la Patria e ingrato por tanto al pueblo ecuatoriano….". Sus bienes muebles, inmuebles, fondos bancarios, fueron incautados, su Biblioteca entregada por Decreto a la U. de Loja. El 12 de Diciembre la Asamblea Nacional Constituyente le impuso la pena de Reclusión Mayor Extraordinaria de 16 años, la pérdida de sus Derechos de Ciudadanía y la confiscación de sus bienes.
Entre 1.946 y el 47 editó en Bogotá "En Plena Vorágine" que se compone de dos fascículos: 1) Documentos para la Historia en 101 págs. y 2) Bajo en Imperio del Odio, analizando la situación política después del 28 de Mayo.
Ese último viajó a New York, fue socio de "Lawyer's Club" y trabajó en "Reidand Priest" como Jefe del Dpto. Latinoamericano en la rama del Derecho Internacional Privado. Al caer Velasco Ibarra el 47 vio abrirse nuevos horizontes. A la subida de Carlos Julio Arosemena Tola "que rectificó los excesos revolucionarios" se ordenó la devolución de sus bienes, sobre todo de su villa en Imbabura y Panamá esquina, adquirida en los años 30 al Cónsul alemán Herman Moeller, pero aún así no se atrevió a venir.
Fue con el ascenso al poder de su amigo personal Galo Plaza en 1.948 -quien había sido su Ministro de Defensa en 1.939- que pudo hacerlo. En 1.949 fue recibido por sus íntimos, recobró todo lo perdido, reabrió su estudio profesional y aquí no pasó nada. Incluso volvió a contar con la clientela de antes, sobre todo con los poderosos grupos económicos que lideraban Juan X. Marcos y Lorenzo Tous. Fue operado de la próstata por el Dr. Roberto Gilbert Elizalde en la Clínica Guayaquil y el 56 reingresó a la Beneficencia.
Para 1.958, alejado de cualquier liberalismo teórico o libresco de antaño, pactó con el conservadorismo del Presidente Camilo Ponce Enríquez y puso en la Gobernación del Guayas y en la recién creada Autoridad Portuaria a sus ex colaboradores Teodoro Maldonado Carbo y Juan X. Marcos respectivamente. Igualmente dio forma a dicha Autoridad Portuaria. Ya no era ni se decía liberal, los años y la falta de oxigenación de sus ideas le habían transformado en un irreductible defensor de los grandes monopolios nacionales y de las empresas extranjeras, además, su alejamiento del pueblo, le hacía aparecer como un sujeto aparte.
En 1.962 saludó en el Club de la Unión al Presidente de Chile Arturo Alessandri de visita en nuestro país, por cuanto el Presidente Carlos Julio Arosemena Monroy sufrió una indisposición momentánea motivada por su etilismo.
Ese año cumplió 70 de edad y el 63 sus amigos le prepararon un homenaje a nivel nacional que debía llevarse a cabo en el Club de la Unión pero que a última hora se realizó en su domicilio particular debido a la presión contraria de las fuerzas armadas, ejercida a través de los miembros de la Dictadura Militar de entonces, que necesitaban un chivo expiatorio para explicar la derrota del ejercito ecuatoriano el 41.
Por aquel tiempo recibió una agresión pagada por algún malqueriente al subir a su estudio profesional en 9 de Octubre y Pichincha, edificio construido sobre un solar de su esposa. De improviso le fue manchado su impecable traje blanco por Carlos Alvarado Loor que le arrojó pintura roja y salió corriendo."Por rara coincidencia”, un reportero que pasaba por allí tomó la foto, que salió en todos los diarios del país con grave escándalo doméstico.
En 1.964 apareció "Estudios Jurídicos" en 560 págs., con algunos de sus alegatos sobre Derecho Civil principalmente y "Páginas Literarias" en 234 págs., con sus más notables discursos, que leídos a desatiempo suenan rutinarios y prosaicos, aunque a veces contienen metáforas muy hermosas. Distinto era cuando los leía, pues tenia un especial tono de voz que sumía a los auditorios en una especie de catarsis y embeleso, por eso se ha dicho que fue el mejor orador académico de su tiempo.
En 1.968 murió su esposa y la diabetes le comprometió un dedo del pié pero logró reponerse, mejoró, regresó a su estudio, siguió trabajando y falleció inesperadamente y a consecuencia de un paro cardiaco, el 31 de Octubre de 1.969, a los 75 años de edad.
Orador académico y parlamentario brillante, poeta enamorado de la integridad y perfección del fondo y de la forma, dejó una Memorias Intimas para ser publicadas 25 años después de su muerte, sobre los sucesos ocurridos durante la invasión peruana y tituladas pomposamente "Por la pendiente del Sacrificio" que editó el Banco Central del Ecuador y apareció casi al mismo tiempo que su biografía escrita por su sobrino Victor Pino Yerovi.
Tuvo formación elegante y clásica, más bien decimonónica. Vivió el final de una época muy influenciada por la cultura europea. Hablaba francés y finalmente aprendió el inglés en los Estados Unidos. Desde 1.944 sufrió una aguda desubicación política en razón del arrollador triunfo del Velasquismo.
De talento privilegiado, erudición, porte solemne y grave aunque cargado de espaldas. Mirada torva, dura, llena de rencor. Nunca sonriente en el público porque le faltaba solidaridad humana. Tampoco buscó el acercamiento a la juventud, tan necesaria para captar las simpatías del género humano.
Presidió una larga etapa política donde su palabra y opinión era considerada ley (1.920 al 44) luego ejerció influencia sobre la sociedad de Guayaquil, acentuada desde 1.958 sobre personajes y capitales que aconsejaba y dirigía como amigo y abogado. No dejó discípulo ni aceptaba el trato con iguales. Frugal en la intimidad, parco en el gasto, a tiempo que no acostumbraba cobrar honorarios excesivos y en muchas ocasiones hasta se olvidaba de ellos.
Sirvió a quienes consideraba "Gente Bien" o miembros de la sociedad, pues menospreciaba al resto, ignorándoles olímpicamente. Cosechó triunfos sociales y del espíritu, así como el odio de las masas, incapaces para entender su aristocracia, sus cualidades, que las tuvo en grado superlativo. Arroyo siempre les fue lejano por su perfeccionismo y porque nunca hacía concesiones. Como Presidente fue un autócrata desconfiado, férreo y huraño con casi todos, a la par de despreciativo, arrogante, egoísta.
Alto de cuerpo, blanco la tez, barba espesa y azul, pelo negro y bigote corto. Viril, voz agradable y llena de modulaciones para cada ocasión. Nunca gastó familiaridades y solo las dispensaba en la intimidad pues era cariñoso en familia, donde le trataban de usted o de Arroyo a secas.
En 1.986 se editaron sus Versos escritos a medias entre un romanticismo tardío al que nunca renunció y un modernismo que le era tan contrario por sus novedades, a las que nunca se abrió por su formación tradicional donde los jesuitas. Hasta el final de sus días fue poeta de compromisos cívicos o sociales.
Hombre tan bien dotado para la lírica al llegar al poder fue duro con sus opositores, la explicación estaría en su trauma de niñez pobre y desolada, de hijo único de madre viuda. Allí la génesis de su carácter férreo y displicente, principio y fin de un aislamiento del que jamás salió, prefiriendo ser líder de pequeños grupos de poder.
Aborrecía a las masas. Por eso se granjeaba la impopularidad entre el vulgo o la peble como él solía llamar a sus semejantes pobres, que intuían más que comprendían su desprecio. Si hubiera nacido en la Roma Imperial hubiera sido un Patricio o un Augusto, pero nació en el Ecuador y fue un arrogante político.