Al día siguiente Bolívar y Morillo se encontraron y abrazaron en la aldea de Santa Ana y a propuesta de Morillo se resolvió elevar en ese sitio un monumento recordatorio de tan trascendental hecho, luego se ofreció un banquete y durante la noche ambos durmieron en la misma pieza, de allí en adelante Morillo abandonó Venezuela dejando en su lugar al General de la Torre.

El 6 de Enero de 1821 el Congreso de Cúcuta designó a Bolívar para el desempeño de la Presidencia Constitucional de Colombia por cuatro años, cambió la capital a Bogotá y tras largos debates adoptó la forma central de gobierno, dejando a un lado el federalismo inicial, así como la Constitución bolivariana.

A fines de Abril, rota la tregua, Bolívar ordenó la movilización de Bermúdez hacia Caracas y de Urdaneta hacia Coro y Barquisimeto. En Mayo la Torre empezó la persecución de Bolívar, quien se había adelantado a Guanare, desconcertándolo. Así perdió la Torre la oportunidad de sorprenderlo. Entonces Bermúdez aprovechó para avanzar sobre Caracas, obligándole a reunir todas sus fuerzas en las planicies de Carabobo.

Bolívar se presentó con los Generales Páez, Cedeño y Plaza el 24 de Junio y tras estudiar el terreno, ordenó a los dos primeros que marchasen a la retarguardia del enemigo subiendo por una pendiente y bajando a una quebrada seca, mientras Plaza debía resistir el ataque frontal. La Torre se dio cuenta de la maniobra tardíamente y corrió a la retaguardia de sus posiciones para evitar que lo envolvieran los patriotas pero no pudo sostenerse y fue derrotado en toda la línea, escapando con su Estado Mayor a Puerto Cabello, donde se le unió el Coronel Pereira con las fuerzas que mantenía en Caracas.

El 29 entró Bolívar a esa capital y declaró la independencia total de Venezuela excepto Cartagena, Cumaná y Puerto Cabello, plazas fuertes que aún guardaban los españoles. Desde entonces el Libertador comenzó a planificar la libertad del resto de la América del Sur, para lo cual convocó en Octubre a varios jefes y de común acuerdo resolvieron enviar sendas misiones diplomáticas al sur y al norte del continente, con la finalidad de negociar tratados y convenios comerciales y lograr la unidad americana. En lo político gobernaba Soublette en Venezuela y Santander en Colombia. José Manuel Restrepo era Ministro del Interior, Pedro Gual de Relaciones Exteriores, José Maria Castillo de Hacienda y el General Briceño Méndez desempeñaba la secretaría del Gobierno.

Entretando Bolívar había comisionado al General José Mires para que se trasladara a felicitar a la Junta de Gobierno de Guayaquil ofreciéndole el auxilio de Colombia y al General Valdés para obtener la pacificación de Pasto y Popayán, mientras él esperaba a los Comisionados españoles Sartorio y Espelins con el fin de ocuparse de las negociaciones de paz.

Acto seguido pasó a la región de Pasto que ocupó tras prolongada resistencia y finalmente pudo entrar en Quito en Junio de 1822, donde le coronaron de laureles, conoció a Manuela Sáenz y dejando encargada la Intendencia del Ecuador al General Bartolomé Salom, viajó a Guayaquil, proclamó su anexión a Colombia el 23 de Julio y tres días después recibió al General José de San Martín, con quien mantuvo varias conferencias secretas.

Enseguida ofreció sus servicios a la Junta peruana que había sucedido al General José de Lamar en el gobierno, pero solo le aceptaron el envio de armas y municiones. La expedición peruana del Sur, comandada por Felipe Antonio Alvarado, fue destruida por los españoles Valdés y Canterac en las batallas de Torota y Moquegua y al saberse la noticia en Lima ocurrió un motín que dio al traste con el gobierno y elevó al poder a José de la Riva Agüero, quien solicitó el auxilio de Bolívar y Colombia, firmándose el Pacto el 18 de Marzo de 1823, por el cual pasó Sucre al Perú, bien aleccionado para no enfrentar a los españoles hasta no contar con la totalidad de sus efectivos militares. Riva Agüero, en cambio, ordenó abrir operaciones con los Generales Agustín Gamarra y Andrés de Santa Cruz que pasaron a Intermedios al sur y sabedor de ello el General Canterac marchó contra Lima que quedó desguarnecida.

Entonces Riva Agüero se encerró en la fortaleza del Callao con sus tropas, Sucre sacó las suyas de Lima y viendo la imposibilidad de cualquier defensa también se encerró. Canterac ocupó la capital, impuso multas y contribuciones durante un mes y finalmente se fue, mientras el Congreso peruano disponía el traslado de la capital a Trujillo con toda la burocracia, creaba el cargo de Jefe Supremo Militar confiándolo provisionalmente a Sucre mientras hacía su arribo Bolívar, a quien mandaron a invitar a Guayaquil por medio de José Joaquín de Olmedo y de José Sánchez Carrión.

Sucre partió de Lima encargando el gobierno a Torre Tagle y se dirigió hacia el sur para reforzar las huestes de Santa Cruz, quien, lejos de esperarlo, inició su marcha hacia las sierras, siendo perseguido por el Virrey La Serna y rehusando combatir siguió hasta el Alto Perú, donde se le comenzaron a dispersar las tropas. Tal fue el triste fin de dicha expedición que regresó a Moquegua. En Lima habíase iniciado una pugna entre el Congreso y Torre Tagle por una parte y Riva Aguero y el gobierno de Trujillo por otra. Este último proclamó su Dictadura y el Congreso lo destituyó.

Bolívar salió de Guayaquil el 6 de Agosto. En Lima le recibió el Congreso que lo invistió de todas las Facultades necesarias para llevar a cabo la guerra de la independencia a feliz término. De entrada comenzaron sus negociaciones con Riva Agüero a fin de someterlo a la autoridad del Congreso, lo que no pudo conseguirse por las buenas y hubo necesidad de que el General Antonio Gutiérrez de la Fuente lo apresara en Trujillo al comprobarse los planes que tenía en marcha para entregar nuevamente el Perú al dominio de España. Terminado así un conflicto interno muy peligroso, creyó del caso abrir campaña, no sin antes dejar al General Tomás Heres al frente del gobierno en Lima. El 11 de Noviembre instaló su Cuartel General en Pativilca.

A principios de Enero de 1824 sufrió una grave fluxión pulmonar que lo postró al borde de la muerte. Joaquín Mosquera, al verlo en tan calamitoso estado, conmovido, le preguntó... ¿qué piensa hacer ahora?. Triunfar fue la respuesta. ¿Y qué piensa hacer Ud. para triunfar? “Tengo dadas las órdenes. Si los españoles bajan la cordillera a buscarme infaliblemente los derroto con la caballería, si no bajan, dentro de tres meses tendré fuerzas para atacar. Subiré la cordillera y los derrotaré”.

El 26 de Enero Torre Tagle envió al Visconde de San Donas a entenderse con Canterac en Huancayo. La noche del 5 de Febrero los españoles tomaron a traición la plaza fuerte del Callao. El 14 se les unió el regimiento de Granaderos a Caballo de los Andes. Bolívar ordenó al general Enrique Martínez, Jefe Militar de Lima, que se retirara a Pativilca y designó en su reemplazo al General Mariano Necochea, de su mayor confianza, quien logró descubrir la traición de Torre Tagle por una misiva que cayó en sus manos. En el interim los Generales realistas Monet y Rodil entraron al Callao con numerosas fuerzas, ocuparon poco después Lima y salieron tras Bolívar, que retrocedió hacia el norte evitando todo encuentro por la mayoría abrumadora del enemigo.

Primero se estableció en Huamachuco, enseguida atravezó la cordillera por Chavín y Aguamiro con intenso frio, vientos y neblina y seguido muy de cerca por espías españoles.

Canterac, informado que Bolívar se encontraba al otro lado de la Cordillera, marchó a su encuentro en Julio. El 6 de Agosto se avistaron ambas fuerzas en las llanuras de Junín. Los españoles contaban con 7.000 infantes y 3.000 soldados de caballería. Bolívar solo tenia 6.800 infantes y 900 de caballería pero se sentía tranquilo y ordenó un fulminante ataque de caballería, según su táctica de golpear al enemigo y desaparecer, fingiendo huir hasta que el enemigo perdiera su formación, para luego volver cara con más furia como efectivamente ocurrió en esta batalla entre lanceros pues no se llegó a disparar un solo tiro y la infantería no pudo participar.

Canterac huyó tras las primeras cargas tan rápidamente que no pudo ser perseguido y cortando puentes llegó a Chincheros donde descansaron sus tropas antes de unirse a las del Virrey.

Junín marcó el cénit de Bolívar y el principio del fin de los realistas en el Perú. Murió Necochea gloriosamente y Olmedo compuso su famosísima "Victoria de Junín o Canto a Bolívar".

Así las cosas, el General realista Olañeta se sublevó en el Alto Perú y se detuvo la campaña. El 24 de Octubre Bolívar recibió una comunicación del Congreso colombiano que le relevaba del mando de las tropas que servían en el Perú y le quitaban todas las facultades de que había sido investido. Entonces delegó el mando en Sucre, se retiró a Lima y organizó la administración. José Sánchez Carrión en Relaciones Exteriores, Hipólito Unanue en Hacienda, Tomás Heres en Guerra y puso sitio al Callao donde se escondía Torre Tagle y sus partidarios.

El 7 de Diciembre convocó a las naciones americanas a un Congreso Anfictriónico en Panamá para lograr el afianzamiento de la independencia de las nuevas naciones. En el Cusco, el Virrey José de la Serna y los Generales Valdés, Monet y Villalobos habían iniciado campaña. Primero pasaron al norte sin que Sucre se diera por aludido pues más le interesó penetrar al valle de Jauja y desde entonces ambos ejércitos marcharon paralelamente en formación pero sin atacarse. Por las noches se veían las luces de ambos campamentos. El 3 de Diciembre la vanguardia patriota del General Lara fue atacada por una columna realista y aunque se empeñó un recio combate, no se generalizó la batalla por decisión de Sucre, que desestimó el lugar.

El 9 se avistaron nuevamente. En la vanguardia patriota iban los Generales Sucre. Lamar y Córdova y en la retaguardia Lara. Muy por la mañana se abrazaron los combatientes y luego comenzó el choque que pareció favorecer a los realistas hasta que el General Córdova gritó "Armas a discreción, paso de vencedores" y destruyó el frente del enemigo. El propio Virrey cayó herido y fue tomado prisionero con 15 de sus generales. Solamente Valdés pudo escapar con algunos de los suyos pero finalmente se sometió a las Capitulaciones de Ayacucho.

Destruido el poderío español en el Perú, Sucre mandó a Gamarra a ocupar el Cusco. Otero tomó Arequipa sin resistencia y en el Alto Perú el realista Olañeta fue abandonado por los suyos y murió oscuramente.

Entonces Sucre ocupó esa región aclamado por la Asamblea General reunida en Chuquisaca que lo eligió primer Presidente de la nueva República de Bolivia.

Solo quedaba en poder de los españoles el fuerte del Callao, donde el Brigadier Rodil resistía obstinadamente a Bartolomé Salom por tierra y a las fuerzas combinadas de Colombia y Perú por mar, hasta que en Enero de 1826 capituló honrosamente y salió a España.

El 18 de Febrero de 1825 habíase reunido la I Asamblea Nacional del Perú y prorrogó a Bolívar las Facultades Extraordinarias.

Este nombró un Consejo con Lamar en la Presidencia, Sánchez Carrión en Relaciones Exteriores, Heres en Guerra y Marina, aunque el primero, por estar en el sitio del Callao, fue reemplazado por Hipólito Unanue y partió a recorrer el país dictando disposiciones tendientes al mejoramiento de la administración pública. Visitó Cañete, Pisco, Ica, Arequipa, Cusco, Puno, el lago Titicaca, Potosí (allí se entrevistó con Sucre) Chuquisaca, Arica y Tacna.

El 10 de Febrero de 1826 estuvo de vuelta en la finca de la Magdalena en Lima tras casi un año de ausencia y rechazó la monarquía que le ofrecieron algunos de sus partidarios; sin embargo, ya comenzaba una sorda oposición encabezada por Luna Pizarro.

En esa etapa de su vida Manuela Sáenz manejaba su casa, la correspondencia y el archivo. Bolívar se dedicó a dar los últimos toques a su proyecto constitucional para Bolivia basado en un gobierno fuerte y centralista y en una presidencia vitalicia. Igualmente convocó al Congreso peruano y como quería retirarse a Colombia, los Diputados no se lo permitieron.

Por esos días la situación política se agitaba en Bogotá donde Senadores y Diputados habían entrado en pugna y en Venezuela Páez quería la monarquía. Ajeno a todo ello Bolívar planificaba una gran Federación de estados con Perú, Bolivia y Colombia como forma de superar el caos, pues, desde la Constitución Bolivariana, el Vicepresidente Santader y los liberales bogotanos se habían convertido en sus opositores permanentes.

Por eso salió a principios de Septiembre del Perú. El 12 hizo jurar la Constitución Bolivariana en Guayaquil. El 28 arribó a Quito. En Octubre pasó a Popayán y en Noviembre se entrevistó con Santander en Neiva donde aparentemente se reconciliaron pues el Congreso colombiano le reeligió Presidente casi sin oposición. Mas, el 14 de Mayo de 1827, se produjo la revolución del General Páez en Venezuela y el 5 de Agosto se reunió el Congreso venezolano. Por tales razones el 23 de Noviembre Bolívar se invistió de las Facultades Extraordinarias previstas en la propia Constitución y pasó a entrevistarse con Páez, al que encontró en el sitio Naguanagua donde hicieron las paces. Bolívar ofreció a Páez darle el mando de una expedición armada contra las islas de Cuba y Puerto Rico que seguían en poder de los españoles. El resto del año pasó en Caracas arreglando los asuntos del gobierno.

El 29 de Enero de 1828 se insurreccionó la División Colombiana acantonada en Lima y su Jefe el Coronel Bustamante decidió regresar a Colombia, desconociendo la dictadura bolivariana.

El 9 de Abril se instaló la Convención en Ocaña. La mayoría de sus miembros pidió la reforma de la Constitución bolivariana y fue contraria a la dictadura. Bolívar ordenó a sus partidarios que se retiraran y dejó a la Convención sin quórum con gravísimo escándalo para la República. Los Generales José María Obando y José Hilario López se sublevaron en Pasto y en el valle del Cauca pero la rápida acción militar del General Córdova frustró los planes de esos revolucionarios, que estaban secretamente comprometidos con el Perú para obtener la disolución de la Gran Colombia.
La Dictadura bolivariana ha sido calificada como el mayor error político de su carrera pues fue eminentemente conservadora.

Se prohibió la lectura de las obras del Filósofo inglés Jeremías Bentham, la proliferación de escuelas Lancasterianas de enseñanza mutua por monitores, púsose fuera de ley al naciente partido santanderista o liberal, se prohibió las Sociedades secretas y se disolvió las Sectas Masónicas que tanto habían realizado en pro de la Independencia. (4)

Por eso surgieron exaltados que quisieron asesinar a Bolívar y en la noche del 25 de Septiembre un grupo de conspiradores asaltaron el Palacio de San Carlos, pero el Libertador fue salvado al último momento por Manuela Sáenz, que lo obligó a huir por una ventana mientras ella enfrentaba valientemente a los asesinos, aún a riesgo de su propia vida. Numerosas prisiones, condenas y fusilamientos no se hicieron esperar y la popularidad del régimen bajó considerablemente, lo cual, unido a la gravísima crisis internacional producida por el Perú, que al desconocer la deuda militar de la independencia y ocupar las provincias de Jaén y Mainas, prácticamente se situó en plan de guerra, volvió la situación casi caótica.

Bolívar se encontraba agotado por la tuberculosis que venía sufriendo desde algún tiempo atrás. Había perdido su optimismo en la vida democrática de Colombia, veía enemigos por todas partes y lo que era peor, no podía hacer nuevas amistades entre los jóvenes de su tiempo, por estar rodeado de viejos colaboradores.

(4) Al mismo tiempo se cerraron Universidades, se volvió a enseñar el Latín, se revisaron los programas de estudio creándose cátedras como la de Derecho Canónico, se autorizó la religión en las escuelas. Es decir, en el plano de la realidad colectiva, la dictadura constituyó no solamente un retroceso en el proceso democrático iniciado con la independencia sino una vuelta a medias al pasado coloniaje.

Con todo el 3 de Julio declaró la guerra al Perú y como Sucre acababa de arribar de Bolivia, le ordenó la inmediata movilización de las fuerzas militares del Departamento de Quito hacia las fronteras, para evitar el avance peruano. Guayaquil fue sitiada el 22 de Septiembre y Lamar ocupó Loja y avanzó a Cuenca, pero en Tarqui fue derrotado el 27 de Enero de 1829 por Sucre y se firmaron los Tratados de Paz en Girón. Lamentablemente el 11 de dicho mes los peruanos habían ocupado Guayaquil y se negaron a devolverla, obligando a Bolívar -que se hallaba en Quito- a trasladar su Cuartel General a Buijo, cerca de Samborondón, con el fin de lograr la desocupación de ese puerto, lo que logró tras seis meses de asedio, aún a costa de su salud, de por si debilitada.

Nuevamente en Colombia, tuvo que enfrentar la Insurrección del General José María Córdova, quien fue asesinado tras su derrota en el Santuario, lo que agravó la situación política. Páez animaba el sentimiento separatista en Venezuela y el 13 de Noviembre se la acordó en Valencia con la adhesión casi enseguida de Puerto Cabello, Caracas y el resto de las poblaciones.

A principios de Enero de 1830 Bolívar regresó a Bogotá y el 20 inauguró el "Congreso Admirable", lanzó una Proclama y renunció el mando dictatorial. Sucre fue enviado a Venezuela a convencer a Páez pero no le dejaron cruzar la frontera. El 3 de Mayo Flores logró la separación del Ecuador. Bolívar salió el 8 de Bogotá. Iba en gran pobreza, con solamente 4.000 pesos producto de la venta de su vajilla de plata. Al día siguiente el Gobierno aprobó un Decreto de Gratitud Nacional a su favor, mientras Sucre emprendía el viaje a Quito a convencer a los habitantes de la necesidad de defender la unidad colombiana, mas, al pasar por las selvas de Berruecos el 4 de Junio, fue asesinado de tres balazos. Bolívar exclamó al conocer la noticia: “Santo Dios, se ha derramado la sangre del inocente Abel!”.

El 17 de Septiembre fue invitado a volver a Bogotá. En Octubre llegó a Soledad, cerca de Barranquilla, en espera de un barco que le condujera a Europa. Su estado de salud era tan precario que tuvieron que trasladarlo en coche a una finca cercana, al pie del mar, llamada de San Pedro Alejandrino propiedad del español Joaquín Mier y fue tratado por el medico francés Próspero Réverend. Agonizó varios días de tuberculosis y murió el 17 de Diciembre, siendo sepultado el 20 con acompañamiento militar.

Más que un pensador fue un estratega militar y un literato genial. Poseyó el genio de la guerra y sus tácticas, tuvo don de mando y una fortaleza y fe inquebrantables en el destino de los pueblos americanos, por eso trató de confederar a los países que libertaba. En sus orígenes fue un liberal exaltado y hasta demagogo, luego se convirtió en un estadista prudente y finalmente en dictador de ideas conservadoras tratando de salvar su obra.

Libre pensador en materia religiosa aunque respetuoso de todos los credos. Fue más bien un panteísta que veía la mano de Dios en la naturaleza.

En sus proclamas, arengas y frases, de estilo explosivo con bellísimas Imágenes y alegorías que las volvía heroicas. Honorable en el manejo del dinero. Exitosísimo con las mujeres y las tuvo muchas sin entregarse a ninguna. Su esposa en Caracas, Fanny en París, Manuelita en muchas partes, solo para recordar las más importantes.

Su genialidad, esa forma de ser nerviosa y agitaba en los tocante a su vida diaria, ganaba la admiración sin límites de sus Oficiales y soldados: Dormía poco, trabajaba mucho y sin olvidar detalles. Estoico y sacrificado para las grandes marchas a través de las selvas y montañas. Amó los caballos y se sirvió de ellos. En la guerra frugal, pobre y valiente.

En las ceremonias públicas gustaba del fasto de los uniformes de gala. Amó el baile y lo practicaba cada vez que podía luciéndose en ello. Guerreó por veinte largos años con suertes desiguales al principio, padeciendo soles y lluvias, fríos y calores, sin importarle otra idea que la de libertar a su Patria.

Como estadista brilló entre los demás caudillos latinoamericanos de su tiempo por la claridad de sus ideas y honradez de sus principios republicanos. Nunca persiguió el poder por el poder sino por el servicio, pues sabía que era necesaria una administración correcta y eficiente para preservar la libertad conquistada, por eso los pueblos creían en él y le seguían siempre. Tuvo visión global de la política, decretó la libertad de los esclavos, la solidaridad con los demás pueblos del continente y quiso una gran Confederación americana como sistema de defensa para el continente.