El Presidente de la Convención Pedro Moncayo le dijo a Urbina al posesionarle: "Se os ha elegido porque habéis conjurado la tempestad que amenazaba la República bajo la bandera pirática del traidor americano -Flores- porque habéis reunido en torno vuestro al pueblo en masa para hacer ver al enemigo de la República y a los aristócratas extranjeros que lo protegen, que está vivo siempre en los hijos del Ecuador el amor a su independencia y libertad".

Urbina subió ungido por el elemento liberal y con él gobernó. I aunque no tuvo un programa definido llevó adelante un Plan de Gobierno muy lúcido coherente y de alto sentido patriótico, que terminó por acarrearle la oposición de los poderosos y la Intransigencia del clero.

Suprimió las llamadas protecturías indígenas, prohibió el cobro anticipado del tributo indígena que había sacado de apuro a los gobiernos anteriores y en 1857 logró la supresión total de aquel. Concedió la posesión de las aguas a varias comunidades indígenas y el urbinismo vino a convertirse en ideario avanzado dentro del pensamiento político de Latinoamérica a mediados del siglo pasado y no la caricatura que han presentado historiadores conservadores como José María Legouir Raud J.L.R. Julio Tobar Donoso, Wílfrido Loor Moreíra, de simple militarismo nacional producto de un caudillo sin mayor instrucción.

La invasión Floreana se produjo el 4 de Julio de ese año. Era el aniversario de los Estados Unidos y el Cónsul ofrecía una recepción en su casa cuando se oyeron los primeros disparos del buque Chile de la flotilla pirática de Flores que bombardeaba el malecón. Los concurrentes se alarmaron y salieron a la calle los Generales Urbina, Illingworth y Villamil a fin de dirigirse al fortín de Saraguro - hoy Club de la Unión – donde desplegaron a los artilleros del batallón Restauradores y tras dos horas de intensos disparos pusieron en fuga a los floreanos. En la lucha perecieron 2 mujeres, 2 niños y el español Francisco Reina Martos, compadre de Flores, que asomado al balcón de su casa gritaba como desaforado hasta que una bala perdida de la flotilla le dejó sin vida. Lo pajarearon, se dijo entonces, de su trágica muerte. Tras esa intento renació la paz y Urbina pudo gobernar con tranquilidad.

En 1854 inició los arreglos de la Deuda Externa con Elías Mocatta representante de los tenedores ingleses y en Noviembre se celebró el Convenio Mocatta-Espinel en 28 artículos, por el cual el Ecuador reconocía en favor de los acreedores la cantidad de 1'824.000 libras esterlinas o sea 9'120.000 de pesos, emitiéndose los bonos ecuatorianos de la Deuda Consolidada con un interés anual del 1% y estipulándose las condiciones para los pagos y la adjudicación de tierras baldías en la bahía del Pailón en Esmeraldas y en las provincias orientales de Jaén y Mainas. La Deuda se había originado el 23 de Diciembre de 1834 cuando la comisión Granadina-Venezolana adjudicó a la República del Ecuador el 21,5% de los créditos pasivos de la antigua Colombia, cantidad aumentada en 2´000.000 de pesos de intereses en 1854.

Posteriormente desterró a la familia del General Flores, quien conspiraba contra la seguridad del estado y de América en Europa y se suscribió un Tratado de Paz con la Nueva Granada que puso fin a las tensas relaciones existente desde el asunto de los jesuitas. Fiel a su ideario liberal Urbina no usó jamás de violencia alguna ni de crueldades con nadie. Por eso se ha escrito que los años de su mandato fueron de Paz, excepto la invasión del 52.

En lo político hubo una absoluta libertad de prensa, florecieron las Sociedades Democráticas, las Academias para la educación de los militares y las escuelas en los cuarteles para enseñar a leer y a escribir a los soldados. Sostuvo la Escuela Náutica, fundó los lazaretos de Quito y Cuenca, el Cuartel de Artillería, el Hospital Militar, el malecón de Guayaquil, inició el camino de Cuenca a Naranjal, reparó el Palacio de Gobierno, los edificios de la Policía y Cárcel así como el puente sobre el río Machángara. También ordenó reponer el Obelisco y la Lápida de los Académicos en Tarqui.
En el aspecto diplomático recibió la visita de los marinos franceses de la Flota del Pacifico comandada por el Almirante Fevrier des Pointes, declaró la libre navegación por los ríos del Amazonas y en lo cultural la libertad de enseñanza.

Al término de su mandato, el soldado sin mayor ilustración pero respetuoso de todos como le conocían en algunos medios de la oposición, con su encantadora sociabilidad y finos modales, habíase ganado la amistad de sus antiguos oponentes por no haber realizado acciones negativas como las de Flores y Rocafuerte que acostumbraban fusilar a sus oponentes.

Convocadas las elecciones triunfó ampliamente el candidato oficialista Francisco Robles, quien gozaba de gran popularidad en Guayaquil por su temeridad y valentía, sobre el opositor Teodoro Gómez de la Torre. Montalvo referiría después que mientras duró la presidencia de Urbina, su madre vivía asilada en la casa de la familia del escritor en Ambato, sin cambiar su modesta situación socioeconómica de siempre, también por eso Julio Tobar Donoso ha dicho que Urbina era manso y generoso y muy desprendido con el dinero.

A fines del 56 le designaron Ministro Plenipotenciario ante varios países de Europa aunque a última hora prefirió quedarse en el Ecuador para defenderse de posibles acusaciones en el Congreso.

En 1858 Flores inició una nueva ronda de intrigas ante el Presidente peruano Ramón Castilla a fin de obtener el rompimiento diplomático de ambas naciones y le subministró copia de uno de los planos que nuestro gobierno había extendido al representante de los tenedores de bonos de la Deuda, sobre las tierras baldías en el oriente, tierras que el Perú pretendía como suyas. Castilla mandó al vapor de guerra Amazonas a patrullar las aguas del golfo de Guayaquil, después que su representante Juan Celestino Cavero había sido devuelto a Lima por comportamiento irrespetuoso y altanero.
Robles y Urbina tuvieron que salir a defender Guayaquil. En Octubre se sublevaron los Generales Francisco Darquea y Manuel Tomás Maldonado, quienes apresaron a Robles en casa de Urbina, esquina de Pedro Carbo y Luque y al bajarlo fue muerto Darquea de un pistoletazo al pecho que le propinó el General Guillermo Franco Herrera.

El Diputado Gabriel García Moreno se hallaba complotando contra su Patria en el Perú y en vista de la indiferencia y falta de apoyo de Castilla se vino en un vapor enemigo y siguió subrepticiamente a Quito, donde acababa de organizarse un gobierno Provisorio el 1° de Mayo de 1859, que le confirió el mando de las tropas. Con ellas pasó al centro de la República y en Tumbuco, cerca de Guaranda, libró el 5 de Junio una gran batalla contra Urbina que le fue desfavorable. De allí en adelante Urbina aplastó toda revuelta y entró en Quito mientras García Moreno se regresaba al Perú cubierto de ignominia.

Poco después Urbina pasó a Ibarra y el 23 firmó un Convenio con el resto de los alzados pacificando al país. A los dos meses Rafael Carvajal repasó el Carchi y con una columna de mercenarios colombianos entró en Imbabura, donde tras varios combates indecisos venció a los gobiernistas en Guaranturo y el 4 de Julio tomó la capital mientras Guillermo Franco se proclamaba Jefe Supremo en Guayaquil.

Como el Presidente Robles se quedó aislado en Riobamba no tuvo más que solicitar pasaporte y ausentarse por Guayaquil al Perú. Urbina se hallaba en Cuenca e hizo lo mismo, quedando solamente García Moreno en Quito y Franco en Guayaquil pero cercado por los militares peruanos. Entonces García Moreno hizo las paces con el odiado Flores y prepararon la toma de Guayaquil mientras Franco se desasía de los militares enemigos firmándoles el Tratado de Mapasingue.

Para Urbina había comenzado el largo y penoso destierro pues, falto de medios económicos, sobreviviendo de pequeñas ayudas que le enviaban los suyos, no podía hacer nada más. Primero radicó en el puerto boliviano de Cobija. En Mayo de 1862 y a través de sus amigos Miguel Riofrío y Juan Borja entró en correspondencia con el General Tomas Cipriano Mosquera, pero habiéndose opuesto a la creación de la Confederación Colombiana por constituir la desaparición de la República del Ecuador, cesó dicho Intercambio epistolar. García Moreno tomó la posta, se relacionó con Mosquera y luego se peleó con él.

En Mayo Urbina preparó una invasión con tropas ecuatoriano-chilenas pero el proyectó abortó. De toda maneras le quedó la nave Nueva Granada luego llamada Bernardino. Fueron tiempos duros, de soledad y miseria, a veces acompañada de algún otro exilado tan o más pobre que él. "I en las Jargas noches del exilio contaba sus aventuras y peripecias con humor y acopio de detalles”.

En Marzo del 64 García Moreno decretó la expulsión de su esposa Teresa Jado de Urbina y sus cuatros hijos quienes residían tranquilamente en Guayaquil. La medida fue más brutal porque solo veinte horas antes acababa de morir Dña. Josefa Urbina de Jado, su madre, anciana de casi 81 anos de edad, cuyo cadáver aún permanecía insepulto, negándosele a su hija el velar dichos venerandos restos.

Desde entonces radicó el General Urbina, su esposa e hijos en Paita y como se le tenia por caudillo del Partido Liberal del Ecuador, el comerciante chileno Antonio Millan le puso el dinero necesario para artillar el Bernardino con dos cañones, que le debía conducir a Guayaquil con una pequeña expedición.

Juan Antonio Robinson comprometió en Machala a los Comandantes Eusebio Avila, José María Pérez y Simón Saona, a los Capitanes José Madero y Eduardo Mora y a once sujetos de primera categoría, liberales de los contornos. El 7 de Agosto proclamaron la Jefatura Suprema de Urbina pero sobrevinieron circunstancias desgraciadas y el 29 de Septiembre fracasó el ataque armado a Santa Rosa. Urbína estaba en Zapotillo y debió repasar la frontera. En Tumbes fue desarmado y se internó al Perú.

A principios de Mayo de 1865 José Marcos comprometió al Capitán Francisco Modesto Game Soler del vapor fluvial Washington antes Anne y con Juan Heredía, Eduardo Hidalgo Arbeláez, Juan Bohórquez y otros treinta hombres del Guayas salieron ocultamente al sitio Palo Largo cerca de Babahoyo. El 31 se embarcaron por la tarde y de noche embistieron osadamente al buque de Guerra Guayas y mataron a su Comandante José Matos.

Unidas ambas tripulaciones al mando de Marcos pasaron a Tumbes donde les esperaba Urbina en el Bernardino mandado por el Coronel José Maria Vallejo Mendoza y con la goleta La Luz del Comandante Antonio Suárez.

Formada la Flota se les incorporó el Coronel Rafael Real con otros patriotas y como no se produjo la revolución en Guayaquil, pasaron a Jambelí mientras se atrincheraban las fuerzas del gobierno en Santa Rosa.

Ignoraba Urbina que la noticia de su invasión había llegado a Quito y el Presidente García Moreno a revienta cinchas acababa de entrar en Guayaquil y como le pareció a Urbina una imprudencia dejar enemigos a sus espaldas, resolvió dividir su pequeña tropa y partió en el Washington a Zarumilla con el Comandante Juan Heredía y su segundo Game. Allí encontró al Coronel Mariano Irigoyen con 30 hombres. En Gualtaco halló a Gaspar Alamiro Plaza, Julian Indaburo Bodero, Juan Francisco Mariscal y Enrique Laroque, al Coronel José María Cornejo y otros más y con ellos tomó Santa Rosa el día 24 de Junio, sin imaginar que García Moreno, en gesto por demás audaz, había sorprendido al resto de la flotilla, fusilando criminalmente y por tandas escalonadas al total de 29 prisioneros hasta su arribo a Guayaquil. Así terminó, tan tristemente, su famosa invasión.
En 1865 acabó el mandato de García Moreno quien hizo elegir Presidente a Jerónimo Camón, que a medida que le iba perdiendo el miedo permitía el regreso de los numerosos desterrados políticos que rebosaban en las costas de Centroamérica, Colombia y Perú, sin atreverse a firmar el Decreto de Amnistía General como hubiera sido lo Justo. Hombres notables como Pedro Carbo, Pedro Moncayo, Manuel Gómez de la Torre, Miguel Riofrio, Antonio Yeroví, Carlos Auz, José Gabriel Moncayo. el Obispo Auxiliar de Guayaquil Luis de Tola, los Generales Francisco Robles, Guillermo Franco, Julio Ríos, Tomás Carlos Wright, muchos Coroneles, otros militares, seguían en el exterior.

La esposa y los hijos de Urbina pidieron salvoconducto y Montalvo escribió en el Cosmopolita: La proscripción de Urbina debe terminar. Los presidentes del Ecuador se mueren de hambre, dicen en el Perú. Hambre gloriosa, pero hambre; aunque de nada sirvió ese grito de justicia pues el General y su familia siguieron en Paita hasta 1867 que pasaron al Callao. El 68 la familia retornó finalmente al país aunque por poco tiempo, pues con el golpe de García Moreno de Enero del año siguiente, tuvieron que volver a expatriarse en Febrero.

Seis años después, en 1875, murió el tirano en Quito, Urbina no había participado en el complot ni fue acusado de ello así es que regresó el 30 de Enero de 1876 tras dieciséis años de ausencia. Llegó con espíritu esforzado a pesar de los reveses, pues el ostracismo que abate a los pequeños caracteres exalta los grandes y "el pueblo en masa acudió espontáneamente para recibir al ilustre proscrito. Estaba allí representadas todas las clases sociales, la muchedumbre cubría el ancho del malecón y las calles adyacentes, las aclamaciones no cesaban un instante y aquello fue un verdadero recibimiento triunfal". El viejo General apareció en el balcón de su casa y dirigió la palabra al pueblo que le aclamaba delirante (2).

El 12 de Febrero fue declarado en servicio activo, como en comisión, pero no aceptó esa forma de pago. Entonces se le asignaron sus Letras de Cuartel desde el mes de Enero que había ingresado al país. Poco después volvió a Lima a finiquitar varios asuntos privados, donde le cogió por sorpresa la revolución liberal del 8 de Septiembre que elevó a la Jefatura Suprema al General Ignacio de Veintemilla.

Llamado a Guayaquil por el movimiento, arribó el 8 de Octubre, fue recibido con vítores y volvió a tomar la palabra en su casa. Veintemilla le fue a visitar y nombróle Jefe del Estado Mayor General del Ejército y único responsable de todas las operaciones de la campaña a iniciarse.

En Diciembre marcharon los ejércitos guayaquileños a la sierra. Veintemilla y Robles mandaban el ala izquierda que subió por Babahoyo y tomó el Camino Real hasta el sitio de los Molinos cerca de San Miguel de Chimbo, derrotando el 14 de ese mes a las fuerzas borreristas del Comandante Quiróz; mientras Urbina, con el grueso de las tropas, trepando por Yaguachi arrolló al General Julio Sáenz Fernández-Salvador en los helados pajonales de Galte. Allí se lucieron los Generales José Vicente Maldonado, José Sánchez Rubio y Guillermo Bodero Franco, los Coroneles Víctor Proaño Carrión, Pedro Pablo Echeverría y José María Cornejo y el Mayor Jacinto Garaycoa. Enseguida ocupó la plaza de Riobamba, que años atrás le había visto vencedor en Tumbuco.

En Galte se usó por primera ocasión en el país los famosos fusiles de repetición marca Remigton de fabricación norteamericana, que sembraron el desconcierto en las tropas gobiernistas, así como las ambulancias y el Cuerpo médico de la Cruz Roja. Tras el triunfo un

(2) La Casa del General Urbina estaba ubicada en la calle Luque casi a llegar a Pichincha. Había sido comprada por su esposa en 1873 con parte del dinero de la herencia de ella, a la sucesión de Francisco Suárez, cuya casa era el doble. Lo adquirido fue la mitad. Años de después la familia del General se cambió a la esquina norte de la calle Bolívar y Malecón, donde él murió. Su viuda falleció muy ancianita en Lima en 1910.

subalterno le insinuó a Urbina que se proclame Jefe Supremo pero fue duramente reprendido. Poco después entraron los triunfadores en Quito en medio de aclamaciones y saludos.

En Quito ardía el clero convertido en dócil instrumento político del partido Terrorista o Garciano, de ultraderecha, explotando el fanatismo de las masas analfabetas, realizando graves motines, vendían las alhajas de los conventos para hacer dinero y comprar armas para los contrarevolucionarios de Colombia. Ese año fue electo diputado por las provincias del Guayas, Tungurahua y Chimborazo y en Noviembre sofocó la invasión armada del General Yépes en Imbabura que con los Jefes Ezequiel Landázuri, Miguel Paris-Moreno y Antonio Grijalva intentaban avanzar hasta la capital. De vuelta a Quito pudo dictar enérgicas disposiciones que consolidaron el triunfo de las fuerzas del General Cornelió E. Vernaza. Entonces trató de frenar al levantisco clero serrano, escudado tras el Administrador de la Diócesis de Quito, Arsenio Andrade. Todo ello retrasó la Convención Nacional que debía reunirse en Quito y que recién pudo iniciar sus labores en Ambato, el sábado 20 de Enero de 1878, donde fue electo Presidente de tan alta reunión por 33 votos de 37 electores.

Entre sus actos más importantes estuvo la conmutación de la pena de muerte a los tres Jefes invasores por otra más benigna de prisión, que sólo se llegó a cumplir en una mínima parte. Demás indicar que tenía gran ascendiente en el ejército y quizás hasta hubiera podido hacerse elegir Presidente de la República, pero no lo quiso para no dividir al Partido Liberal, de suerte que trabajó por Veintemilla, quien salió para el periodo de 1878-1882.

En Febrero del 78 había muerto a consecuencia de un parto su hija María casada con el joven Antonio de Lapierre Cucalón, hijo del Ministro de Francia en Quito Antonio de Lapierre, Conde de Lagliouville. Después de ese golpe Urbina se retiró prácticamente a la vida privada instalándose en Babahoyo.
En 1882 desaprobó el golpe de estado de Veintemilla que proclamó su dictadura personal. A fines de año volvió a Guayaquil continuando la vida tranquila de un hombre de bien y negándose rotundamente a intervenir en política, aunque de vez en cuando deploraba la ruina del Partido en los gobiernos de los presidentes Caamaño y Flores Jijón.

Su mente estaba clara, su memoria admirable y ningún achaque le molestaba. Era, lo que se dice, un cuerpo privilegiado. Muy anciano, refiere Camilo Destruge Illingworth, le dictó una muy extensa y detallada Relación histórica en la cual no faltaban ni las fechas exactas de los sucesos.

Urbina fue marino, diplomático, estadista, creador, guerrero, magistrado, su nombre constituye un blasón pues se hizo solo y fue hijo de sus propias obras.

Su fallecimiento ocurrió sin enfermedad aparente en la madrugada del 4 de Septiembre de 1891. El sepelio fue multitudinario. El Diario Los Andes anotó que desaparecía el viejo veterano, preciosa reliquia, hombre superior, indicándose que jamás había sido anticatólico sino anticlerical y "caigan sobre su tumba veneranda las bendiciones de la posteridad".