Entre tanto en 1.916, el Presidente Leonidas Plaza había instruido a Aguirre Aparicio para que propusiera un Tratado de Límite al Perú bajo las mismas condiciones expuestas por el Ministro peruano en Quito Dr. Mariano H. Cornejo a nuestro Canciller Miguel Valverde, o sea que quedaban a favor del Perú Jaen y Tumbez y a favor del Ecuador Quijos y Mainas, excepto Iquitos. Así lo hizo Aguirre Aparicio pero los peruanos sacaron muy elegantemente el cuerpo manifestando que tal propuesta no constaba en los archivos de esa cancillería y otra vez quedó el asunto territorial sin solución.

En 1.919, con toda justicia fue designado Canciller en reemplazo de Carlos M. Tobar y Borgoño, Ministro Plenipotenciario en Lima fue designado José Peralta. Entonces ocurrieron nuevas incursiones peruanas y Peralta iba a presentar la correspondiente Nota de Protesta cuando cayó el gobierno del Presidente Pardo y nuevamente ascendió al poder Augusto B. Leguía, que designó canciller al Dr. Melitón Porras. Reanudadas las conversaciones, volvieron a suspenderse a causa de las complicaciones internacionales surgidas entre Perú y Bolivia. Finalmente, en Abril, el Perú presentó un Memorandum “con la línea de concesión máxima que estaría dispuesto a hacer al Ecuador para reducir de común acuerdo la zona que debería someterse a la decisión del árbitro”. Peralta lo transmitió a Quito con su opinión desfavorable pues, hallándose reconocida la línea Túmbez Marañon como línea divisoria nada teníamos que someter al fallo de un Tribunal “de suerte que era su opinión que al avance se debería responder con el avance”.

Consultado el asunto con el Presidente Alfredo Baquerizo Moreno y los miembros de la Junta se acordó que, como la sugerencia de Peralta equivalía a reabrir la antigua disensión de títulos, era poco práctica y mejor sería insistir en la Línea de Menéndez Pidal u otra que no difiriere mucho de ella. Al mismo tiempo Aguirre Aparicio manifestó al Ministro peruano en Quito, Ernesto de Tezanos Pinto, que debía su gobierno modificar la Línea.

Peralta era un exaltado patriota y tomó a mal esta resolución del gobierno, de manera que renunció violentamente su cargo y pasó a Guayaquil, formuló sus primeras declaraciones en “El Nacional” y alborotó al país. Aguirre Aparicio le salió al paso en “El Telégrafo” y Peralta contraatacó con el folleto Cuenta Rendida – “Compte Rendum”, y Aguirre Aparicio se defendió con un Memorandum secreto para el Congreso, que lo recibió en pleno cuando se presentó a desvanecer cargos – casi de traición a la Patria– Habló tres horas sin auxilio de papelitos o documentos: era un erudito conocedor de todo el proceso limítrofe, pues lo había vivido de cerca. Explicado el asunto a satisfacción, el Congreso resolvió “aprobar su conducta en la dirección de las cuestiones pendientes con la República del Perú”.

Peralta apeló ante el pueblo como Supremo Juez en materia de patriotismo el 31 de Agosto y en un artículo de “El Comercio” del 8 de Septiembre que tuvo resonancias nacionales, dejó al descubierto la política exterior ecuatoriana, ofreció hacer públicos los documentos cursados con la Cancillería y aunque Aguirre Aparicio había cesado en funciones, el Congreso le respaldó en Acuerdo del 2 de dicho mes, y con otro Acuerdo que prohibió la publicación de documentos pues ello sería considerado como traición a la Patria. Finalmente Peralta protestó en “Para la Historia”, mientras Aguirre Aparicio debilitado con la polémica permaneció sirviendo en la Cancillería en Quito hasta Febrero de 1.923, que fue enviado de Ministro Plenipotenciario a Colombia, para averiguar cuales eran los arreglos secretos entre los Cancilleres Alberto Salomón y Favio Lozano, del Perú y Colombia respectivamente, en relación a la cuestión limítrofe de ambos países.

En Bogotá permaneció un año hasta 1.924, tiempo en el cual se produjo el escándalo internacional al conocerse el Tratado Salomón – Lozano que lesionó seriamente el prestigio de Colombia ante la conciencia del mundo americano. En 1.924, durante el Gobierno del Dr. Gonzalo S. Córdova, fue transferido con iguales funciones a Lima, para sostener el Protocolo Ponce – Castro Oyanguren suscrito entre N. Clemente Ponce y Enrique Castro Oyanguren, Canciller ecuatoriano y Plenipotenciario peruano en Quito, respectivamente, que trasladaba las discusiones territoriales a Washington.

Al estallar la revolución juliana en 1.925 seguía en Lima pero el gobierno peruano se negó a reconocer a la Junta Militar instaurada en Quito; sin embargo esta creyó necesario mantenerlo a fin de no perder el contacto con la realidad peruana y para que gestionare el reconocimiento. Su posición era difícil. El Presidente Leguía le otorgó una Condecoración.

En 1.926 conferenció con Leguía para que el Perú aplace la ratificación del tratado secreto Salomón – Lozano, hasta que se diere un entendimiento limítrofe con el Ecuador. Ese año presidió la Misión ecuatoriana al Congreso Internacional celebrado en Panamá con motivo del centenario del Congreso Anfictiónico de Bolívar. El 27 Peralta le acusó de “representar” a un gobierno que no había sido reconocido por el Perú y por golpear las puertas del Palacio de Pizarro a pesar de habérsele negado la entrada, pero le defendió Pio Jaramillo Alvarado: “Y cuando, por casualidad surge un diplomático auténtico de valor indiscutible, como Don Augusto Aguirre Aparicio nos estrellamos contra él, pretendemos descalificarlo y exigirle que él solito nos entregue recuperado el territorio amazónico que día a día perdemos por otras causas y no por culpabilidad del más saliente de nuestros diplomáticos… Séanos permitido expresar con la más amplia convicción que es una verdadera lástima que no podamos desdoblar en una personalidad triple la muy respetable del señor Aguirre Aparicio para que quede en Lima, venga a ocupar la Cancillería y vaya a Washington a fin de que con la misma alta mentalidad y conocimiento profundo de la cuestión y dentro de un plan diplomático efectivo como el señor Aguirre lo tiene concebido, concluyamos de una vez para siempre, en arreglo directo, nuestra cuestión de límites con el Perú”.

Peralta se dirigió al Canciller Homero Viteri Lafronte, quien convocó a una rueda de prensa a las autoridades internacionalistas, periodistas, estudiantes, etc., a fin de explicarles la política internacional, con lo cual concluyó esta nueva intervención suya.

En Enero de 1.928 se reanudaron las negociaciones en Lima a base de reformar el Protocolo Ponce – Castro Oyanguren, dándose un plazo máximo de diez meses para que entraran en funciones las delegaciones que debían acreditarse en Washington. Isidro Ayora convocó a una Asamblea Nacional Constituyente para superar su gobierno de facto y el Presidente Leguía sin esperar su instalación, acreditó la Delegación peruana en Washington, frente a lo cual el Ecuador designó a Aguirre Aparicio Ministro Plenipotenciario en Lima y a Gonzalo Zaldumbide en Washington. Todo parecía indicar que finalmente se llegaría a un arreglo definitivo de la cuestión limítrofe.

En Diciembre siguiente se reunieron en Guayaquil el Presidente Ayora, el Canciller Viteri Lafronte, el Presidente de la Comisión Limítrofe del Congreso Remigio Crespo Toral y el Ministro Plenipotenciario en Lima Aguirre Aparicio, llamado para el efecto, resolviendo reiniciar inmediatamente las negociaciones.

En 1.929, de regreso de Europa, Zaldumbide pasó a Lima no oficialmente, aunque ya estaba designado Canciller. En Diciembre, Aguirre Aparicio exhortó a la Cancillería peruana a finiquitar rápidamente un arreglo. En Agosto de 1.930 el Tte. Cor. Luis M. Sánchez Cerro derrocó a Leguía y se perdió la opción, tras lo cual los numerosos enemigos del depuesto Presidente le acusaron de haber cedido a Colombia las regiones del Alto Putumayo que permitía el control del Río Amazonas, asunto que llevó a dichos países a un enfrentamiento en 1.932 cuando las tropas peruanas asaltaron la población de Leticia. Entonces el canciller Catón Cárdenas declaró la neutralidad del Ecuador y se reorganizó la Junta Consultiva que sesionó el 28 de Octubre y varios de sus miembros pidieron la jubilación de Aguirre Aparicio por límite de edad, pero fue ardorosamente defendido por el Arzobispo Manuel Maria Polit Lazo, que a la salida sufrió un enfriamiento y un infarto que terminó con su vida en pocos minutos.

Convertido en personalidad polémica desde su enfrentamiento en 1.922 con Peralta, tenía numerosos detractores que le atacaban con saña. Entre tanto el conflicto Colombo – peruano había tomado otro sesgo pues Francis White, Subsecretario de los Estados Unidos, acordó con el Embajador brasilero en Washington, Reinaldo de Lima e Silva, la mediación, para lo cual era preciso consultar a los restantes estados amazónicos. Nuestra Cancillería creyó del caso que el Ecuador debía ser considerado y Aguirre Aparicio habló en Lima al respecto con el Dr. J. M. Manzanilla, Canciller del Perú; mas, Colombia se adelantó a la Mediación y solicitó la intervención de la Sociedad de las Naciones que ordenó al Perú no estorbar a Colombia en el ejercicio de su Soberanía y Jurisdicción sobre el territorio reconocido en el Tratado Salomón – Lozano, lo que constituyó un triunfo moral para la causa colombiana.

En seguida se continuó con la mediación brasilera y Aguirre volvió a tratar en Lima sobre la asistencia ecuatoriana a las sesiones a realizarse en Río de Janeiro. Manzanilla, temeroso de la opinión pública de su Patria, dio marcha atrás y manifestó que solo aceptaba la concurrencia ecuatoriana en calidad de País observador, lo que al saberse en Quito causó muy mala impresión, desmoronándose la confianza puesta sobre Aguirre Aparicio.

Poco después ocurrió el combate de Tarapacá y el Perú abandonó dicho puesto fronterizo que fue ocupado por Colombia. El Ecuador no era signatario del pacto de la Sociedad de las Naciones y no podía hacer oír su voz en dicho organismo, por eso la Cancillería creyó oportuno acreditar nuevas legaciones diplomáticas en Sudamérica. Aguirre Aparicio fue trasladado como Plenipotenciario a la Argentina y el Uruguay con sede en Buenos Aires, y Homero Viteri Lafronte pasó a reemplazarle en Lima. Gobernaba en Ecuador Juan de Dios Martínez Mera.

Su permanencia en Perú a través de dos periodos comprendidos entre 1.902 al 16 y entre 1.923 al 33, daba un total de 24 años, lo cual revela de una manera exacta su valía personal y su casi siempre exitoso desempeño.

El 18 de Marzo de 1.933 la Sociedad de las Naciones terminó dándole la razón a Colombia y como el Perú no acató el dictamen fue puesto en rebeldía, recomendándose a los estados signatarios del Pacto el embargo de las armas destinadas al Perú, Colombia, por su parte, reanudó las operaciones militares a lo largo del Alto Putumayo y tomó Guepi.
Los conservadores colombianos no estaban de acuerdo con la presencia colombiana en la Sociedad de las Naciones y pedían a gritos la guerra. El Presidente ecuatoriano Juan de Dios Martínez Mera convocó a una reunión de Notables y los elementos conservadores se mostraron a favor de la tesis de que nuestra Patria declarara la guerra al Perú en solidaridad con Colombia. A poco fue asesinado el dictador peruano Sánchez Cerro y el Congreso ecuatoriano declaró una cerrada oposición a Martínez Mera, que se deslindó del Conflicto para defender su ejercicio presidencial en peligro.

En Diciembre Aguirre Aparicio fue designado delegado del Ecuador a la VII Conferencia Panamericana celebrada en Montevideo, con los Drs. Antonio Parra Velasco y Humberto Albornoz. En Noviembre había partido en Misión Especial a Lima el Dr. Pablo Mariano Borja para actuar bajo las órdenes del canciller Viteri Lafronte con la Asesoría de Aguirre Aparicio frente al canciller peruano Dr. Solon Polo. Aguirre Aparicio arribó de Montevideo a fines de Marzo con su hermana Carmen de Buddle y su sobrina Maria Elena Aguirre. Las Conferencias se iniciaron el 13 de Abril de 1.934, pero se suspendieron el 24 de Mayo siguiente, fecha en que el Perú y Colombia firmaron la paz en Río de Janeiro, quedando Leticia en poder de Colombia por diez años, mientras que en Ecuador salía electo Presidente el Dr. José María Velasco Ibarra, que inició una gira por Colombia y Perú y luego por Chile, Bolivia y Argentina. Aguirre Aparicio había regresado a su sede en Buenos Aires y no volvería a intervenir en Lima.

En 1.935, jubilado por límite de edad, se retiró del servicio y fue a pasar sus últimos años en Lima, donde tenía numerosas relaciones. Estaba en relativa pobreza pero le querían bien. Su figura ampliamente conocida en los café literarios y en los mejores restaurantes capitalinos, era apreciado.

Soltero, vivía en compañía de sus hermanas Carmen y Ana Luisa, viuda la primera y soltera la segunda y de su sobrina Maria Elena, muy guapa, hija de su hermano Ricardo, a quien había pedido para terminar de educar, que con el tiempo caso en Lima con uno de los Barreda Olavegoya, con extensa sucesión.

Falleció en Lima el 23 de Mayo de 1.945, de 75 años de edad, a causa de una dolencia cardiaca y como Consejero Ad-honorem de nuestra legación en el Perú, donde tenía fijada su residencia.