En 1.951 consiguió varios permisos especiales para importar harina y el 52 fundó al sur de la ciudad una de las industrias más importantes del país, los molinos de "Harinas del Ecuador Inc." que gerenció a través de buenos amigos como Miguel Angel de Ycaza Gómez y Clemente Duran Ballen Romero. (3)

(3) Guillermo Arosemena que ha conversado mucho con Francisco Illescas Ycaza escribió: Illescas propuso a la empresa propietaria de la Anglo, la compañía inglesa Balfour Williamson, asociarse para construir un molino de trigo. Los inversionistas ingleses estaban familiarizados con tal negocio. Uno de los fundadores de la citada empresa en el siglo XIX se había iniciado en la molinería en Chile y con los años compraría molinos en Perú.
La empresa Balfour, Williamson analizó la oferta y preocupada de que en aquellos años se habían nacionalizado empresas de extranjeros en la América Latina, concluyó que por tratarse de un producto político en un país subdesarrollado, declinaban la participación accionaria, pero ofrecían financiarlo, como efectivamente ocurrió.
Así nació en 1952, Harinas del Ecuador (HDE) con una inversión de 22 millones de sucres (1.470.000 dólares) y con capacidad para fabricar 30.000 toneladas de harina, cantidad que lo ubicó como el más grande molino del país. Miguel Angel Ycaza, gerenció la industria y se convirtió en su asesor permanente. Dentro de las instalaciones montó una línea para fabricar la tela de algodón o yute usada en los sacos donde se envasaba la harina. Se establecieron puestos de ventas en diversos sitios de la ciudad.
La Balfour, Williamson tenía una muy buena impresión de Illescas, quien había servido extraordinariamente bien, con sus contactos políticos que tenía Quito. Illescas había alcanzado gran poder político y conseguía lo que quería.

Con la asesoría de técnicos extranjeros, HDE operaba con costos más bajos que los competidores de los molinos situados en la Sierra y aprovechaba las subproductos, que por falta de mercado interno eran exportados . Durante los primeros años de operaciones de HDE, Illescas tuvo que recurrir a la Anglo para el capital de trabajo. Toda decisión de importancia tuvo que ser consultada con Harry Shephard, gerente general de Anglo.
Por su forma hábil de manejar la política en Quito, Illescas logró conseguir la prohibición de importación de harina y en esa forma garantizó el monopolio para su empresa en el mercado guayaquileño. En pocos años hizo el suficiente dinero como para cancelar las deudas que contrajo al montar los molinos.
A partir de 1955, Illescas estableció algunas empresas. Las utilidades del molino fueron invertidas en compañías de comercio, industria y agricultura. Unos resultaron rentables y otros fracasaron. Este período de expansión que cubre hasta 1963, causó malestar en la familia Illescas Ycaza. En una entrevista sostenida con su hijo, comentó que nunca estuvo de acuerdo con las múltiples inversiones que su padre realizó, Illescas Ycaza recordó los trágicos momentos que vivió con su madre, cuando se enteraron de que el padre y esposo había perdido mucho dinero en la diversificación.

Buscando la integración vertical, Illescas estableció Panificadora Nacional, (PN) modelo de panadería ubicada en la calle Rocafuerte. El tuvo en mente convertirla en la más importante de la ciudad, para lo cual envió al gerente a estudiar panadería a los Estados Unidos. En teoría, la inversión era favorable pues así integraba su negocio, al igual que lo habían hecho los grandes empresarios estadounidenses en la industria del automóvil, acero, etc.
Los panaderos de la ciudad no vieron con buenos ojos a Illescas Barrreiro, pues pensaron que se convertiría en competidor de sus propios clientes. Preocupado de que perdería su clientela, Illescas optó por cerrar la panadería a un año de haberla inaugurado. Illescas Ycaza comentó al autor que las pérdidas que incurrió su padre en PN se aproximaron a los 300.000 dólares.
Como Illescas tuvo inclinación política, instaló un periódico en Quito, Diario Ecuador, adquirió una imprenta con el nombre de Prensa Ecuatoriana, estableció un molino en esa ciudad con la razón social de Molino Royal y en Guayaquil compró una fábrica de alimentos balanceados. También constituyó Ecuadorian Timber y Ecuabalsa. Adicionalmente fue dueño de la isla Santa Ana y tuvo intereses en la
hacienda Venecia. La mayoría de esas inversiones se hicieron con fondos de HDE y para financiarlas Illescas recurrió al endeudamiento, que terminó restando severamente la liquidez de la empresa principal.

En 1961, representó al Ecuador en las primeras reuniones que tuvieron en México para organizar la Asociación Latinoamericana de Libre Comercio, conocida como ALAC.
"Harinas del Ecuador Inc," fue un gran negocio y ayudó al país a abastecer la industria panificadora.

Su tiempo lo distraía en realizar numerosos viajes, su Gerente Ycaza falleció el 55 El local del teatro Edén había vendido años antes a Víctor Emilio Estrada pero aún continuaba con el Olmedo, tradicional en la urbe. El 57 adquirió una casa de seis pisos en el Malecón donde vivió sus últimos años.

A principios del 63 empezó a sentirse cansado y habiendo efectuado un chequeo médico en el New York Hospital le diagnosticaron un cáncer pulmonar, raro en él porque jamás había probado un cigarrillo, a consecuencia del cual falleció, acompañado de su esposa e hijo, el 12 de Julio de ese año, de solamente 63 de edad.

En su aspecto físico era alto, blanco, ojos y pelo café que al final terminó canoso. Genial en muchos aspectos, hablaba y entendía las malas palabras en alemán porque siempre fue hombre chistoso que gustaba gastar bromas. Está considerado uno de los grandes ejecutivos empresariales del país en el siglo XX pues dejó un imperio que sin embargo no tardó en desaparecer en manos inexpertas, bien es verdad que al morir dividió su fortuna. (4) Tenía una hija fuera de matrimonio viviendo en Quito.

(4) Guillermo Arosemena también ha escrito: Cuando falleció, los diarios de Guayaquil reseñaron sus logros en los siguientes términos: “Se distinguió por su talento e iniciativas creadoras que fueron atributos esenciales de su personalidad... en el campo de los negocios destacó siempre por su acierto y sus cualidades de visionario.. de robusta mentalidad, enfocó no solamente los problemas inherentes a la orbita de la empresa privada que el dirigía, sino que alcanzó con orientación debida todo aquello que se relacionaba con los destinos de la Patria, a la cual sirvió con desinterés y decisión”.
En 1.965, la esposa de Illescas e hijo, con la ayuda y consejos del gerente general de HDE, Clemente Duran Ballen Romero, iniciaron conversaciones con la empresa multinacional “Continental Grain” y la “Seaboard” para venderles la empresa. En la negociación también intervinieron los asesores Félix Hidalgo y Teodoro Arizaga Vega. Un año más tarde, fue vendida en una importante suma de dinero que permitió cubrir las elevadas deudas y dejar un considerable capital a favor de los herederos. Los nuevos accionistas cambiaron la razón social a Molinos del Ecuador (MDE).
Francisco Jr. recuerda que, “las negociaciones fueron muy complejas porque el pasivo hacia casi imposible la venta”. Al referirse a la transacción, un alto funcionario del Bank of New York, en carta a su madre le escribió diciendo “..ha tenido usted una gran suerte al poder deshacerse de esa industria que tantos desvelos le producían...todos los que mediaron en la operación y muy especialmente Pancho (Jr.) merecen una felicitación calurosa por su excelente actuación y por el éxito obtenido”. Para Francisco Jr. La decisión de la venta fue en el momento correcto y al precio correcto.
Molinos del Ecuador pasó a ser gerenciada por Willins Black, estadounidense que se ganó la confianza y respeto de los círculos comerciales de Guayaquil, ocupó el cargo por mas de una década, habiendo regresado a su país a fines de los setenta. En la actualidad la empresa continúa operando bajo los mismos accionistas.