En Julio de 1.910 se realizaron las elecciones presidenciales y triunfó el candidato oficialista Emilio Estrada con 103.024 votos contra 3.708 del General Flavio Alfaro y 2.583 de Alfredo Baquerizo Moreno. E1 3 Agosto el Senado negó la solicitud planteada por algunos incondicionales de Alfaro, para que fuere designado General en Jefe del Ejército y se pensó que asumiría la dictadura, pues el distanciamiento con Estrada era más que evidente. Se repetía el problema suscitado en 1.901 con Leonidas Plaza. Los estradistas decidieron adelantarse a los acontecimientos.

Estrada solicitó a Montero su neutralidad y la de la Zona Militar de Guayaquil y éste puso por única condición que se respetara la vida de Alfaro, de suerte que asegurada la plaza, solo restaba el cuartelazo en Quito, que se produjo el 11 de Agosto. El pueblo asesinó en el panóptico al Coronel Luis Quiroga, que guardaba prisión por el crímen de Emilio María Terán. En Guayaquil Montero se pronunció por la vigencia del Orden Constitucional con los demás jefes militares de la Zona, a tiempo que Alfaro partía al destierro. Montero lo fue a recibir en la estación de Naranjito y le escoltó hasta Duran, donde Alfaro tomó el vapor Cotopaxi con destino a Panamá.

El 1 de Septiembre Estrada asumió el mando, Montero le solicito que prescindiera de los servicios de Leonidas Plaza lo que no ocurrió, Montero conocía que su amigo el Presidente Estrada estaba cardiaco y se sabía que su gobierno no podía durar mucho. Algunos políticos comenzaron a conspirar. La noche del 21 de Diciembre sufrió un infarto de contado. Carlos Freile Zaldumbide, Presidente del Senado, se hizo cargo del Poder, pero siendo un hombre de carácter irresoluto, comenzó a gravitar bajo el placismo, mientras se lanzaban las candidaturas de los Generales Leonidas Plaza, Julio Andrade y Flavio Alfaro.

El 28 se proclamó la Jefatura Suprema de Montero en Guayaquil. El golpe debía darse en favor de Flavio Alfaro que era popularísimo en toda la República, pero a última hora se impusieron los viejos militares con Montero a la cabeza, pues deseaban al Viejo Luchador, al que llamaron a Panamá, este fue un gravísimo error político.

El 29 Montero lanzó una Proclama al país y conformó su Gabinete de la siguiente manera: En Gobierno y Policía el Dr. Manuel Tama Vivero. En Hacienda y Crédito el Dr. Juan Borja Sánchez. En Guerra y Marina el Dr. Francisco Martínez Aguirre. En Relaciones Exteriores el Dr. Modesto Chávez Franco y en Instrucción Pública el Dr. Alfonso de Arzurbe Villamil.

El Encargado Freile Zaldumbide dispuso una movilización general de sus fuerzas. Plaza lanzó una Proclama como General en Jefe del Ejército Constitucional y en una Circular a los Gobernadores, Jefes de Zona y Delegados Militares declaró traidor a Montero, pero fue respondido con el recuerdo de varios episodios vergonzosos de su carrera militar y vida política.

Los Constitucionales se movieron rápidamente a Huigra y Alausí que son los dos pasos mas rápidos para bajar a la costa, pues se temía que la presencia de las primeras lluvias impidiera la consumación de la Campaña, mientras Alfaro hacia su arribo el 4 de Enero de 1.912 y ocupaba la plaza de Guayaquil, que le entregó Montero. El 5 llegó Flavio, se pusieron de acuerdo tío y sobrino y el 11 las fuerzas de este último se batieron con los Constitucionales sin éxito. Julio Andrade ocupó Huigra y Flavio Alfaro retrocedió a Yaguachi, mientras Montero se convertía en pasivo espectador.

El 14 nuevamente se enfrentaron los ejércitos, en esta ocasión en Naranjito. Al día siguiente Enrique Valdés Concha plegó con su gente del Ingenio Valdez al Ejercito del Interior y decidió la suerte de la guerra, pues el 18, cuando el ejercito de Plaza y Andrade atacó Yaguachi. las fuerzas de Flavio Alfaro estaban a la defensiva y aunque opusieron tenaz resistencia y Flavio Alfaro resultó herido, fueron desalojadas de todos los frentes.

El 19 Eloy Alfaro se proclamó Dictador Supremo de la Guerra ante la renuncia masiva de los Ministros flavistas del Gabinete de Montero que salieron del país. Plaza exigió la rendición de Guayaquil que Montero rechazó; mas, el día 20, comenzaron las negociaciones y el 21 Montero y Plaza suscribieron el Tratado de Duran llamado también de Expansión, por el cual se acordaron ante los Cónsules de los Estados Unidos y la Gran Bretaña, dar amplias garantías a los civiles y militares, excepto a los que hubieren incurrido en responsabilidad penal por la comisión de delitos comunes, se licenciaría a las tropas guayaquileñas pudiendo permanecer en el ejército lo que así los quisieran y cesarían las hostilidades, entregándose todo el elemento bélico existente. Igualmente se pondría en libertad a los presos políticos y a los prisioneros. Por Exponsión se entiende en lenguaje castrense, no una rendición, ni una capitulación, sino una situación donde los beligerantes conservan sus posiciones. Montero recibió un Salvoconducto de manos de Plaza para circular libremente por la ciudad. Ese mismo día pasaron a Guayaquil Enrique Valdés Concha, Manuel Velasco Polanco, Leonidas Plaza, Julio Andrade y ocuparon sin problema la Gobernación.

A las 9 y 1/2 de la noche Plaza hizo capturar al General Eloy Alfaro que se hallaba alojado en una bodega de la casa de la familia Renella y comenzó la tenaz persecución de sus principales colaboradores entre los que se contaron en un primer momento Adolfo Páez y Pedro J. Montero, quien había ido a visitar a su jefe y se encontraba en el servicio higiénico, pero al darse cuenta de que llevaban detenido al Viejo Luchador, abrió la puerta y dijo a los sorprendidos guardias: "Aquí estoy, quiero seguir la suerte de mi antiguo Jefe".

Al conocerse las prisiones el Cónsul de Chile protestó por el atropello y los cónsules de los Estados Unidos y la Gran Bretaña reclamaron airadamente por el incumplimiento del Tratado pactado bajo sus garantías. Lo mismo hizo Julio Andrade, pero sin resultados porque Plaza no les hizo caso.

El Martes 23 arribaba a Guayaquil el Ministro de Guerra, general Juan Francisco Navarro, con el propósito de reorganizar el ejército y la marina. Ese día continuaron las capturas y fueron apresados Luciano Coral y Medardo Alfaro. El miércoles 24 hubo mítines pidiendo el fusilamiento de Montero. El Jueves 25 cayeron Manuel Serrano y Flavio Alfaro, mientras Plaza organizaba el Consejo de Guerra contra Montero por el crímen de alta traición, designando al Fiscal Militar, al Presidente y Vocales. Montero nombró defensor al general Julio Andrade quien se excusó por razones obvias y Montero, sin disimular su desaliento, exclamó: "Voy a morir" pues comprendió lo que le esperaba.

Esa tarde, a las 6 y 45, se llevó a cabo el acto en el segundo piso de la Gobernación. A Montero no se le guardó la consideración debida a su alto rango de General, pues menudearon las burlas y sátiras infames y los maltratos de obra. Unos le tiraban del pelo, otros le empujaban hacia adelante con burlas obscenas y sátiras infames. Plaza se presentaba de cuando en cuando a gozarse con la agonía de su victima, alentando indirectamente a los soldados del batallón Marañón y la Artillería Bolívar, que vestidos de paisanos, copaban el salón. A las 8 y 30 de la noche se leyó la sentencia condenatoria a pena de 16 años de prisión previa degradación militar. El Juicio había sido una farsa pues fue presidido por el Coronel Alejandro Sierra, enemigo personal de Montero y su reemplazo en la Jefatura de Zona. Era, pues, un hombre de la entera confianza del gobierno. Su actuación fue tan inicua que hubo un momento en que incitó a la multitud preguntándoles: Pueblo Guayaquileño. ¿ Sabrás responderme si os consta que el General Montero es reo de alta traición a la Patria y sus instituciones?. A lo que la oficialidad placista que ocupaba enteramente el salón respondió con un formidable sí. Y quien solicitó la pena de muerte contra Montero fue su propio defensor Tácito Nuñez, también hombre de confianza de Plaza.

Al momento de terminarse la lectura, algunos se precipitaron contra Montero, quien les contuvo diciendo "Daré mi vida, si, pero mañana" ... !No, ahora mismo, le contestaron y el Sargento Primero, Alipio Sotomayor, de la Primera Compañía del Batallón No. 1 Guayaquil, que gozaba de fama de buen tirador, intempestivamente sacó su revólver y sin previo aviso le disparó un tiro a quemarropa en la frente, matándole de contado, pues la victima cayó fulminada. Varios más le clavaron sus bayonetas y un tal Samaniego, del Marañón, le dió de silletazos.

Enseguida le pasaron por encima de las cabezas y fue arrojado desde una de las ventanas que daban a la calle Ballén. Entonces, al toque de dianas de una banda militar, le condujeron a rastras por la calle de Aguirre hasta la Plaza de San Francisco, mientras le mutilaban los órganos sexuales, sacaban el corazón del pecho y arrancaban la cabeza, que enarbolaron en lo alto de una bayoneta. Su hija Mercedes, años después contaba, que como vivían cerca de la Gobernación, su tía Mercedes Montero Maridueña vió el cadáver y la cabeza desprendida y que de la impresión perdió la razón, que no recuperó Jamás, pues murió completamente enajenada.

El valiente Montero fue incinerado al pie del monumento a Rocafuerte, con unos cajones de madera empapados de kerosén que la turba sacó a empellones de la tienda del italiano Castagneto, en la esquina de Pedro Carbo y Vélez. Hubo fiesta, bailes y risas en espectáculo macabro. A la diez de la noche, cuando se había calmado la turba, Plaza se hizo presente en el sitio de los sucesos para reprender a los que continuaban divirtiéndose con los despojos y ordenó apagar el fuego que aún ardía en la pira de cajones. Horas después la esposa de Montero pidió en uno de los cuarteles la devolución de la cabeza y el corazón, llevados como trofeos, mientras su amigo Carlos Bayona, a petición de su hermana Rosita Bayona de Peña, recogía los restos para depositarlos en una tumba del cementerio.

El crímen de Montero causó estupor en la República y la noticia apareció en grandes titulares en la prensa latinoamericana, ocasionando la natural conmoción que esta clase de sucesos provoca, por los detalles sádicos que contienen. Esa misma madrugada, viernes 26 de Enero, Alfaro y sus tenientes fueron embarcados en Duran con destino a Quito, donde terminarían igualmente sus vidas.

Montero fue un militar de gran valor aunque de escasa cultura, pero es necesario aclarar que tampoco fue el ignorantón que algunos escritores han presentado. De estatura baja, blanco mestizo, de grandes mostachos y fama de valiente hasta la temeridad. José María Vargas Vila, ilustre escritor colombiano, le puso de sobrenombre "El tigre de Bulubulo". En los combates siempre atrevido, en la vida de cuartel afectuoso con sus compañeros, de allí el gran respeto que le profesaban sus subalternos. Como liberal siempre practicó la moderación en sus actos, pues era la norma de su vida. la decencia y el honor.

Su hija Mercedes ha contado que de chica su padre le cantaba las siguientes tonadas: Todas me gustan/ todas me gustan/ todas me gustan en general/ pero mi negra/ pero mi negra/ pero mi negra/ me gusta más... // Igualmente otra que dice así/ Había una vieja en tiempos ingleses/ que formó un rosario con cocos y nueces/ I cuando rezaba el Ave Maria/ las nueces bajaban y los cocos subían...//