En 1810 volvieron a romperse las hostilidades, esta vez contra las tropas de las Provincias Unidas del Río de La Plata, que al mando del General Juan José Castelli, habían vencido en Suipacha al General Córdova y dispersado en Cotagaita a Nieto y avanzaban a la Paz sin resistencias.

Goyeneche y Ramírez se habían retirado al río Desaguadero, tuvieron una Junta de Jefes y como a pesar del armisticio celebrado con los argentinos, éstos habían faltado a él, resolvieron atacarlos el 20 de Junio en los campos de Guaquí, donde Ramírez mandó el ala derecha del ejército vencedor.

Castelli emprendió la retirada y Díaz-Vélez huyó a Potosí y después a Cochabamba en donde concentró sus fuerzas, pero hasta allá lo fueron a buscar Goyeneche y Ramírez, se encontraron en Sipesipe el 20 de Agosto y obtuvieron una nueva victoria que permitió a Ramírez ocupar Chuquisaca como presidente Interino de esa Audiencia, mientras Goyeneche atendía en La Paz a Lombera, enviado de Lima con fuerzas auxiliares; del Cusco también llegaron refuerzos al mando del Cacique Mateo Pumacahua y con ellos entró en Cochabamba, que ocupó sin resistencia alguna y de allf despachó a Chuquisaca al Teniente Coronel Campero, que tomó Potosí el 20 de Septiembre.

En 1811 se reanudaron las operaciones contra los argentinos. Goyeneche comisionó al General Francisco Picoaga para que dominara a Díaz-Vélez, que se retiró a Humahuaca, y la frontera del Alto Perú hasta Tari ja quedó libre de enemigos. Goyeneche dejó a Tristón al cuidado de ella y repasó a Chuquisaca, Cochabamba y Potosí. Tristán se adelantó a Tucumánsin permiso de su Jefe y combatió a la vista de la ciudad contra los argentinos, pero la acción quedó indecisas pudo retirarse sin ser hostigado, hasta Salta, donde recibió algunos refuerzos, pero no obstante el enemigo lo buscó y le infligió una severa derrota. Este descalabro hizo que Goyeneche evacuara Potosí contra el dictamen de sus Jefes que no veían mayor peligro, y cuando el Virrey Abascal se enteró del asunto, reprobó su conducta y Goyeneche renunció al mando, retirándose a Lima y de allí a España, con el título de Conde de Guaquíen premio a esa victoria.

Ramírez le sustituyó en Mayo de 1813, aunque por pocos meses, porque otra vez fue superado en el mando por el General Joaquín de la Pezuela, enviado por el Virrey con poderes extraordinarios.

Unidos los realistas y bajo el mando de La Pezuefa y Ramírez, derrotaron a los argentinos en Vilcapugio y Ayohuma y avanzaron a Jujuy, pero tuvieron que volverse al conocer la revuelta producida en el Cusco. Ramírez entonces tuvo que pacificar La Paz y bajar a Arequipa que estaba ocupada por el rebelde Cacique Pumacahua, a quien persiguió, en Umachiri derrotó, aprisionándolo el 1o. de Marzo de 1815 en Maranganí y haciéndole fusilar el 17 de Marzo en Sicuani, no obstante su condición de Cacique de, Chincheros y Brigadier de los reales ejércitos.

Pacificado el Cusco con la muerte de ese caudillo, Ramírez volvió al Alto Perú donde le esperaba Pezuela para atacar al argentino Rondeau a quien vencieron en Vilumá.

Poco después Pezuela pasó a Lima a suceder en el Virreinato a Abascal y dejó a Ramírez de Presidente de la Audiencia del Cusco, pero por poco tiempo, porque casi enseguida nombraron para dichas funciones al General José de La Serna.

Entonces Ramírez partió a Lima y fue nombrado Presidente de la Audiencia de Quito y tomó posesión de su cargo el 26 de Julio de 1817,en sustitución del benévolo Toribio Montes.

Ramírez llegó a Quito con el título de Teniente General era un español, severo y desconfiado -dice Pedro Fermín Cebados— de fisonomía agresiva aunque bastante hermosa. "Tuvo la mala suerte de hacerse aborrecer desde los primeros días con la publicación de su programa gubernativo, en el cual prometió castigar con rigor, sin remedio y en el acto, cualquiera tentativa que tendiese a perturbar el orden del gobierno, pues se había atribuido a la conducta suave y atinada de su antecesor la tranquilidad de estas provincias, y venía ahora con indiscretas amenazas a lastimar el orgullo patrio, en circunstancias en que los ánimos agitados con lo que se hacía por los pueblos septentrionales, solo necesitaba motivos, ya que no pretextos, para seguir sus huellas. El constantemente arrugado ceño de Ramírez, demostró de claro en claro a los patriotas, que era hombre de llevar a ejecución sus amenazas, aunque no hubiera tentativas, y como brote mas que natural del pecho humano, se vieron, se hablaron y concertaron, para sacudirse de las tiranías del nuevo Presidente".

Durante su breve período de gobierno que terminó el 14 de Abril de 1819, hizo abortar la conjuración de los próceres Antonio Ante y Eusebio Borrero, intentando el asesinato del primero, al que mantuvo casi moribundo en prisión y deportó luego a Ceuta en el África. Dicha conjuración tenía raíces en los pueblos aledaños a Quito e iba a estallar el día Jueves Santo de Febrero de 1818, pero la indiscreción de parte de uno de los comprometidos motivó el celo de las autoridades, que a la postre lo descubrieron todo, incoando un proceso contra Francisco Ceballos de Latacunga y Vicente Flor de Ambato, que pasaron confinados a la provincia de Guayaquil.
El 4 de Junio hizo entrar los sellos reales con solemne aparato y procesión por las calles de Quito, que concluyó con un general convite en casa de Manuel Larrea y Jijón, Marqués de San José. Por ese tiempo salieron desterrados de la Audiencia Juan Pío Montúfar, Marqués de Selva Alegre, Manuel Matéu y Guillermo Valdivieso, hacia Cádiz y con partida de registro, por sus intervenciones en la revolución del 10 de Agosto de 1809, ocurrida nueve años antes; a tales extremos llegaba la desconfianza y sombría política de Ramírez.

A principios del 19, sin embargo, fue llamado al Alto Perú, a ponerse a la cabeza de esos ejércitos, por renuncia de la Serna; y con tal motivo y sin despedirse abandonó Quito y se alejó por la vía de Loja, siendo interinamente reemplazado por el General Melchor Aymerich, hasta que llegara el nuevo Presidente Juan de la Cruz Mourgeón. Por sus pueriles necedades Aymerich fue apodado por el populacho con el remoquete de "cara calzón" mientras Ramírez lo había sido con el de "calzón carishino" que significa "calzón de prostituta o mujer fácil" en el dialecto pupular quítense.

Otra vez en Lima, Ramírez viajó al Alto Perú y de allí a Jujuy en el norte argentino, donde tomó posiciones estratégicas; mas, sabedor que San Martín había ocupado Puno, temió ser encerrado entre dos fuegos y se retiró nuevamente al Alto Perú, donde se enteró que estaba bajo las órdenes del General José Manuel Valdés y "decepcionado por este nuevo desaire" presentó su dimisión y a principios de 1822 se embarcó en Quilca, con destino a su patria, donde aún vivía en 1851 ya muy anciano como es de suponer, pues tendría para esa fecha no menos de 90 años.

En España posiblemente no ha de haber escapado al remoquete de "General Ayacucho" con el que se conocía a todos los militares sin distingo alguno, que habían combatido en América del Sur y estaban retirados en la península gozando de sus pensiones de vejez.

Para el Ecuador la memoria del Teniente General Juan Ramírez es odiosa porque llegó al crimen, haciendo disfrazar de campesino a uno de sus soldados para que asesinara a mansalvas a don Antonio Ante, acción inicua en tan alta autoridad y en Perú igualmente se le detesta por el ilegal fusilamiento del Cacique Mateo Pumacagua, héroe de la independencia de esa nación.