La Comisión arribó al río Napo y siguió hacia los pueblos de Santa Rosa, Mainas, Tabatinga, Pevas y Omaguas. En Abril de 1780 arribaron al Marañon, enfermó y regresó a Pevas. Después estuvieron en Omaguas y en la Misión Alta, pasando y repasando el Marañón y algunos ríos tributarios.

Ese año fueron invadidos por los feroces indios Panos que moraban a las orillas del río Ucayali. En otra ocasión salvó la vida del Gobernador de Mainas, Francisco de Requena, desviando con su fusil una saeta enherbolada y evitando enseguida que otro de los acometedores le descargara un macanazo. Hubo vez, en que, en lucha desigual, dos indios le arrastraron a la corriente del Marañon, pero se salvó sumergiéndose hasta ganar la ribera donde le esperaban sus compañeros. Allí tomó nuevos bríos y como arreciara el ataque, mató a uno de los jefes indios y los demás se atemorizaron y fugaron.

En 1781 se mantuvo sobre las olas alteradas durante cuatro horas, hasta que el astrónomo de la Misión portuguesa José Joaquín Vitorio acudió a salvarle. En Febrero del 82, después de haber reducido a la obediencia a cuarenta bogas de la tribu Jevera, fue ascendido a los empleos de Ayudante, Guardalmacén y Secretario de la Misión por enfermedad del titular en la villa de Ega, y en importantes comisiones que se extendieron hasta Jaén recorrió mas de doscientas leguas en la provincia de Mainas y redujo a cincuenta parcialidades de las tribus de los Jeveros, pero en 1783 cayó enfermo con úlceras y pasó con licencia a Quito; sin embargo, al año de estar descansando, el presidente Juan José de Villalengua y Marfil le destinó al Cuerpo Fijo de Quito.

En 1785 el primer Comisario de la Expedición lo pidió para que regresara con un piquete de tropa y petrechos y apenas llegaron a La Laguna, recibió la orden de marchar a la frontera de Camuchero, a apresar al insubordinado Comandante y conducirlo a presencia de Requena.

Entonces fue ascendido a Lugarteniente del Gobierno Político de Mainas y tuvo que redoblar esfuerzos en el acopio de víveres y otros elementos indispensables, así como también en misiones importantes como la exploración del río Santiago para tratar de establecer el emplazamiento de la antigua población de Logroño.

En Enero de 1789 y tras doce años de servicios en el Oriente, solicitó el grado de Capitán de Infantería y el Gobierno de Mainas. Requena apoyó dicha petición al Virrey de Santa Fe, pero como solo obtuvo el grado de Capitán de Infantería, se restituyó a Quito, donde contrajo matrimonio el 3 de Agosto de 1794 en la iglesia de La Merced, con María de la Vega y Nates y casi dos años después tuvieron una niña que llamaron María Dolores.

Entonces litigó con los tutores de su esposa para que le entregaran varios miles de pesos de propiedad de ella de un obraje de Zámbiza, heredado a su madre Margarita Nates, y como a él habían estado vinculados algunos censos, esto le ocasionó pleitos y disgustos.

En 1795 vivió en la Guarnición Militar de Guayaquil como Subteniente. Su amigo Juan Pío Montúfar le otorgó poderes para que le arreglara sus cuentas en el puerto. En 1801 mandaba la Infantería de la Guarnición de Quito, compuesta de quiteños y panameños, y era el ídolo de la tropa por su carácter hidalgo y dadivoso y por el prestigio de su valor probado.

En 1802 condujo al itsmo dos compañías de panameños compuestas de un total de doscientos hombres, costeándoles casi todo el transporte por tierra a Guayaquil, para que no desertaran. Llegados a Panamá, fue insultado por el concuñado del Gobernador y tuvo que defenderse, siendo calificado de persona de genio revoltoso.

Reconstituido en Quito en 1803, encontró a la ciudad dividida en bandos irreconciliables formados por europeos y criollos. Los primeros eran preferidos en los puestos públicos y ejercían un marcado despotismo. Contra ellos se alzaban los discípulos de Espejo, ya fallecido, que a pesar de no ser muchos, eran influyentes y giraban alrededor de Juan de Dios Morales y Manuel Rodríguez de Quiroga. A ellos se unió Salinas, con la actividad, diligencia e impetuoso carácter con que siempre ejecutaba todos sus actos.

El 25 de Diciembre de 1808 concurrió a una reunión celebrada por la navidad en la hacienda del valle de los Chillos del Marqués de Selva Alegre, en la cual se acordó el establecimiento de una Junta Suprema que se encargaría de dirigir los destinos de la presidencia de Quito, representando la soberanía del pueblo.

A esta cita también asistieron Morales, Quiroga, el presbítero José Riofrío, Juan Pablo Arenas, Francisco Xavier de Ascázubi y Nicolás de La Peña, quienes le encomendaron la elaboración de un plan bélico de defensa en el hipotético caso de que se produjere una reacción contrarevolucionaria.

Mas, el carácter franco y abierto de Salinas, amiguero y comunicativo, hizo que le contara lo tratado en la reunión al padre Andrés Torresano del covento de La Merced y éste, a su vez, le confió el Plan de mutación de gobierno al padre Andrés Polo de la misma Orden, quien se lo contó a José María Peña y éste comentó el asunto con el Asesor del Gobierno Manzanos, quien fue enseguida a hablar con el presidente Manuel Urríez, Conde Ruiz de Castilla, que tomó las providencias del caso y comisionó al Oidor Fuertes y Amar para que el miércoles 1o. de Marzo echara un bando y esa noche a las diez, Salinas fue preso con señales de reo de estado.

El jueves se le tomó confesión, el domingo cinco cayó en Chillo el Marqués de Selva Alegre y el lunes seis Morales. Todos fueron llevados al convento de La Merced, donde se los investigó exhaustivamente y hasta se llegó a dictar por parte del Fiscal Tomás Aréchaga, un Auto de acusación contra Salinas, Polo, Torresano y de La Peña. Con gran inteligencia Salinas negó que hubiera hablado con el Padre Polo y como las autoridades actuaron con cierta lenidad, el proceso fue sustraído al secretario que lo conducía y los enjuiciados recobraron su libertad pocos días después. A este complot se le ha dado en llamar "La Conjura Navideña" por haberse iniciado ese día y no trajo mayores consecuencias, pero sirvió para que los próceres tuvieran un poco más de cuidado en el futuro.

Así las cosas, en Agosto de 1809 volvieron a alborotarse los ánimos ante el sesgo que habían tomado los sucesos en España, a raíz de que el pueblo madrileño iniciara la revolución. El martes 7 de Agosto se reunieron los conspiradores en casa del Dr. Francisco Javier de Ascázubi. Al día siguiente miércoles 8, volvieron a reunirse allí y Salinas asistió por primera ocasión, quedando convenidos en dar el golpe en la madrugada del viernes 10. El jueves de noche, congregados en los cuartos interiores que alquilaba Manuela Cañizares en la casa parroquial del Sagrario, donde moraba con el Doctor Quiroga, separado de su esposa desde años antes en Bolivia, los próceres quisieron posponer el golpe, pero ella insistió en que debía darse esa madrugada y poniéndose delante de la puerta, impidió que salieran de allí. Salinas fue avisado de la reunión a última hora cuando estaba acostado y en ropa de cama y al ver a los paisanos congregados, salió después de la media noche, se dirigió al Cuartel y arengó a la tropa, hablando de la usurpación de Napoleón, los sacó a la plaza y formó varias comisiones.
Esa mañana del 10 de Agosto organizó un Cuerpo de ejército o Falange compuesto de tres batallones, le fue reconocido el grado de Coronel y la jefatura de dicho cuerpo como Inspector General.

Empero, el destino de la revolución estaba marcado por la inercia y doblez del Marqués de Selva Alegre, quien casi a la fuerza tuvo que encargarse del mando, pues había quedado escaldado de la pasada aventura; los demás miembros de la Junta tuvieron comportamientos diversos. El Obispo José Cuero y Cayzedo, varios clérigos y otros tantos nobles, Condes y Marqueses, defeccionaron desde el principio, pues eran gente sin ningún interés patriótico o revolucionario, puestos solamente por fuerza de las circunstancias, en una revolución que ni querían ni les interesaba. Por eso el 5 de Octubre, a escasos dos meses del golpe, fue proclamada la contrarevolución y el 13 se aceptó la renuncia de Selva Alegre, quien fue sustituido por el Conde de Selva Florida, quien de inmediato prosiguió con las conversaciones iniciadas por Selva Alegre con el Conde Ruiz de Castilla, a fin de restituirle en el mando.

El 14 de Octubre Ruiz de Castilla escribió desde Iñaquito a Salinas, pidiéndole su colaboración para que las cosas volvieran a su antiguo estado. Salinas, se ignora si presionado por las circunstancias o a motus propio, cometió la debilidad de aceptar la entrega de las tropas al Conde, para lo cual despachó a Machachi en son de avanzada o de vanguardia a los militares de los que más desconfiaba, poniéndoles al mando de Juan y Antonio Ante, precisamente los más opuestos a sus veladas maquinaciones, con lo cual, allanó el camino para que el 24 de Octubre fuera llamado a Iñaquito a conferenciar con el Conde, quien después de ello suscribió unas Capitulaciones con la Junta y volvió a asumir el mando.

Por dicho acuerdo Salinas quedaba al frente de la Falange y coincidió que entonces llegaron a la isla Puna las fuerzas que había despachado el Virrey del Perú para sofocar la revolución de Quito, noticia que alentó sobremanera al falaz Ruiz de Castilla. El 17 de Noviembre Salinas presentó su renuncia al cargo de Comandante de las Compañías de Infantería de Quito y fue sustituido por el Capitán Joaquín Zaldumbide. Esta renuncia causó pésima impresión en el pueblo, que protestó haciendo circular una hoja volante en su contra (1).
El 24 de Noviembre arribaron las tropas de Lima al mando de Manuel Arredondo. El Presidente Ruiz de Castilla disolvió las de Quito pues estaba fuerte otra vez y comenzó a maquinar su venganza.

El 4 de Diciembre se hallaba Salinas en su casa situada en la plaza Mayor contigua al Ayuntamiento y oyó rumor de gente armada. Se asomó con sus familia a la ventana y vio que atravezaban la plaza escoltados el Doctor Morales y el Doctor Arenas, en dirección al Cuartel Real de Lima; pero como él no se creía comprometido por haber entregado la tropa, se quedó muy orondo hasta la hora de almorzar y en el momento en que se iba a sentar a la mesa, regresó la escolta y le presentaron la orden de prisión. Con aspecto al parecer sereno, salió con los sayones de Arredondo, ascendió el pretil de la Catedral para seguir al mismo Cuartel y desde allí dirigió el último saludo de despedida a su atribulada esposa, que le miraba con ansiedad.

El historiador Manuel María Borrero, autor de "Quito Luz de América", manifestó después de publicada esa obra, que Salinas fue uno de los traicionados por los factores negativos de la contrarevolución y claudicó oprimido por las circunstancias de que se vio rodeada la revolución por obra de los Marqueses y nobles de la Junta Suprema de Gobierno, establecida equivocadamente por los verdaderos patriotas; sin embargo, su actitud frente a las prisiones de sus compañeros en esa trágica mañana del 4 de Diciembre, indica que él se sentía seguro, pues de no haber sido así, hubiera huido.

De allí en adelante permaneció ocho meses prisionero, sin siquiera poder gozar de las dos horas diarias de sol concedidas a los demás y para imposibilitarle físicamente su defensa, procedieron sus carceleros a tapiarle con ladrillos la única ventana de la calle y cuando protestó por ello, fueron rechazados sus pedidos en providencia del 19 de Mayo de 1810. Sólo le

(1) Entre el 12 y el 13 de Diciembre de 1809 rindió Salinas su confesión, indicando que Antonio Ante, Juan Ante y Andrés Salvador se violentaron al no poder convencerle que no entregare las armas al Conde Ruiz de Castilla. Que entonces ofreció su pecho a Antonio Ante para que clave en él, el puñal que portaba; Ante se disculpó y quedaron de amigos. Mas, en esa confesión, Salinas cayó en vacuas justificaciones que han servido para empañar su Memoria.
permitían de vez en cuando la visita de su hija María Dolores, que frisaba en los catorce años. Su segunda hija, María del Carmen, nació pocos días después de ser apresado.

Su esposa quizo liberarlo y hasta trazó un plan con el joven Mariano Castillo, pero las autoridades dieron con los hilos de la conspiración y lo aprehendieron al salir de la casa de ella, conduciéndole al mismo Cuartel donde estaban los otros prisioneros, mientras doña María guardaba cárcel en su propia casa.

El 2 de Agosto algunos avezados patriotas quisieron asaltar el Cuartel y liberar a los presos, pero los soldados del Real de Lima tomaron la delantera y se posesionaron del Cuartel. Entonces los presos se atrincheraron detrás de las puertas de sus celdas, que los soldados despedazaron, descargando sus fusiles sobre ellos, a mansalva y con alevosía. Salinas tuvo heridas en cuatro partes de su cabeza causadas de bala y varias cortaduras en su pecho.

Debió morir a eso de las dos de la tarde que fue la hora de la matanza, su cadáver fue sepultado en la iglesia de San Agustín. Mientras tanto su esposa e hija mayor habían sido inhumanamente conducidas al pie de una horca que alzaron las autoridades en la plaza mayor, para que escucharan un mandato de muerte. De allí las llevaron a una habitación del palacio y se enteraron del trágico fin de su deudo. A la tierna solicitud de las religiosas de la Concepción, consintieron los sicarios que pasaran al interior del Monasterio, donde ocuparon la misma celda en que se había hallado recluida por realista, el año anterior, Josefa Sáenz, esposa del Oidor Manzanos. Luego se les confiscó sus bienes por orden del perjuro presidente Ruiz de Castilla, que se había convertido en un guiñapo del sanguinario Coronel Arredondo.